白斑综合征病毒wsv-pol和wsv006的变异分析及与宿主互作基因的筛选

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白斑综合征病毒(White Spot Syndrome Virus,WSSV)作为对虾养殖中存在的代表性病原之一,一直受到全球对虾养殖产业的广泛关注,但其致病分子机制却未明确。本文以2016-2017年从我国部分地区的对虾养殖病害区采集到的患病对虾为样本,以WSSV DNA聚合酶基因—wsv-pol和wsv006基因为研究对象,从其变异情况以及与宿主互作基因的筛选两个方面进行研究。主要研究结果如下:第一部分:为研究wsv-pol、wsv006基因的变异情况,本研究通过特异性扩增wsv-pol功能区以及wsv006全长核苷酸序列,比较核苷酸及氨基酸的变化情况,分析WSSV在不同地区的分子流行病学变异特征。本实验取用2016和2017年1-7月在全国18个地区的WSSV病害爆发区采集的91份患病样本,用特异性引物扩增目的片段,继而连接转化后进行测序,并对测序结果进行分析。wsv-pol扩增结果显示,2016年的47份样本中,只在山东日照、河北沧州和河北唐山三个地区的样本中出现目的条带,检出率为17%;在2017年的44份样本中,只在福建霞美镇、广东湛江、山东东营和上海四个地区的样本中检测出,检出率为27%。wsv-pol阳性样本均在第164位出现了单个甘氨酸缺失的情况,除此之外在个别样本中也存在氨基酸的替换现象。氨基酸比对结果表明,wsv-pol未出现较大程度的变异情况。wsv006扩增结果显示,2016样本检出率为19%,分别来自河北黄骅、山东日照、河北沧州和河北唐山四个地区;2017年样本检出率为36%,分别来自福建霞美镇、河北黄骅、广东湛江、山东东营和上海五个地区。在两年的wsv006阳性样本中,氨基酸水平的变异类型包括氨基酸替换、插入、缺失和提前终止翻译,其中插入的主要是脯氨酸(P)和苏氨酸(T),插入位点处于这两种氨基酸的交叉重复区域,在第151-166位之间;终止翻译是由于核苷酸第541位插入了GAGG,致使转录过程中形成了终止密码子。本研究通过探究WSSV不同病毒株间的遗传进化差异,为WSSV传播、遗传进化以及分子流行病学研究提供参考资料。第二部分:为了获得对虾白斑综合症病毒wsv-pol、wsv006基因与宿主的互作基因,本研究基于本实验室已构建好的凡纳滨对虾肠组织酵母双杂交系统文库,分别构建wsv-pol、wsv006“诱饵”载体,进行毒性与自激性检测之后与文库进行杂交,并使用多种营养缺陷型培养基及筛选标记物进行逐级筛选,结合回复杂交实验最终确定凡纳滨对虾肠组织中分别与wsv-pol、wsv006基因互作的受体基因。结果显示,两个诱饵蛋白在酵母双杂交系统中均不存在毒性和自激性作用,经过筛选共得到分别与wsv-pol、wsv006基因互作的基因各一种,将这两个基因序列在NCBI上比对后,确定与wsv-pol互作的受体基因为凡纳滨对虾线粒体上的一段序列;与wsv006互作的受体基因为凡纳滨对虾的COP9信号亚基5的编码基因。提取筛选出的pGAD-mit、pGAD-COP9-5文库载体,并以它们作为猎物载体,分别与对应的诱饵载体pGBKT7-pol、pGBKT7-006进行一对一的回复杂交实验,进一步验证了相互作用的结果。wsv-pol与线粒体以及wsv006与COP9信号亚基5之间的相互作用,可能与这两种基因参与病毒感染过程有关,为进一步研究wsv-pol、wsv006基因在病毒感染宿主过程中的功能奠定了基础。
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