随着我国高等教育体制改革的不断深入，民办独立学院的突起，调整学院内部治理结构，解决学院发展中的权力分配与制衡问题，成为学术界的一个研究热点。学院内部治理要素主要包括治理主体、治理客体、治理手段和机制，从本质上讲，学院内部治理结构是一种高校内部的制度安排，是一种契约关系，是一种有效的运行机制。治理结构可视为达成治理状态的手段，用以协调组织决策层、执行层、监督层及其他利益相关者的关系，确保组织的社会公信力与组织的健康、可持续发展。本文基于法人治理理论、委托—代理理论、利益相关者理论、资源依赖理论等组织内部治理的理论，认为法人治理理论适合研究高校的非营利性法人特点；委托—代理理论适合剖析高校组织高层管理人员和所有者的关系；利益相关者理论适用于高校组织利益相关者对高校组织治理的参与及治理机制和对各利益相关者的协调和平衡：资源依赖理论则适用于说明高校组织属于显著的资源依赖型组织，为了汲取资源，高校需要有比企业具有更为严格的治理结构。并结合法人治理理论和利益相关者理论，多角度分析德强商务学院内部治理结构。在此基础上，分析了哈尔滨德强商务学院内部治理结构的现状，找出学院内部治理结构存在的法人治理结构的不合理、学院的其它利益相关者约束力不足、学院管理权限模糊、学院内部绩效评价机制不够健全等主要问题，通过对国外高校内部治理结构的比较研究，认为学院的内部治理结构应该由相关利益主体共同参与学院的管理。并提出了建以权力制衡为核心的民办独立学院法人治理结构、完善哈尔滨德强商务学院利益相关者治理结构、适度放权构筑低重心教学管理体制、建立哈尔滨德强商务学院教师绩效考核实施流程体系四项对治理结构的优化策略。对国内其他民办高校的内部治理结构的完善提供参考和借鉴。