新医改已进入“深水区”，公立医院改革仍然是其重中之重。国务院印发的《“十二五”期间深化医药卫生体制改革规划暨实施方案》指出，“十二五”期间要把县级公立医院改革放在突出位置，2015年要实现县级公立医院阶段性改革目标。四川省为响应国家号召，于2012年6月宣布在27家试点县级公立医院实施取消药品加成相关政策。然而公立医院补偿问题是始终是县级公立医院改革的关键。　　论文通过现场数据调查对比分析了四川省取消药品加成试点县级医院取消药品加成前后医院运营情况、服务提供者行为变化、患者受益情况和补偿机制变化情况进行分析，在此基础上分析了县级医院补偿机制变化情况　　其次采用DEA数据包络分析方法评价144家县级综合医院在现行财政补偿情况下医院的规模效益状况。在此基础上利用系统动力学模型建模，探索和建立长效的县级医院补偿机制，并提出相应的政策建议，对政府宏观层面医改政策设计及具体操作具有一定的借鉴作用。　　调查结果显示，取消药品加成后，6家县级医院品加成率大幅度下降，医院补偿结构发生变化。大部分医院收入和服务量均有所增加，服务质量未受影响发生变化，但并未带来患者就诊费用的实质性下降。　　最后研究提出，取消药品加成后，在调整医疗服务项目收费标准使其弥补取消药品加成损失的57％时，按照现行政府财政投入增长率23.27%，在2014年前，通过现行的调整医院服务项目收费标准基本能弥补医院因取消药品加成造成的损失，2014年之后，政府可适当降低财政投入增长率，促进医院自身成本控制。同时政府要加强对药品采购环节的监管；加强医院内部管理，提高服务质量和运行效率；建立合理的收入分配制度积极探索新的医保支付方式加强新农合资金的监管力度。