在知识经济的时代，随着国家逐渐对高等职业教育发展的重视，近几年，高等职业技术学院进入高速发展期，高等职业技术学院的科研工作也步入创新与改革阶段，日趋成为国家与教育界关注的焦点。科学研究作为高等职业技术学院服务社会，促进应用型教学改革与发展的重要手段，是课程改革与探索教育科学技术的基础。为促进高等职业技术学院科研实力进一步发展，增强高等职业技术学院科研创新活力，对高等职业技术学院科研管理机制进行优化是高职院校科研发展的必由之路，有重要的理论意义与实践价值。　　长久以来，高职院校往往将本科院校的科研管理机制生搬硬套，忽视了高职院校自身的办学特点以及与本科院校在科研应用方面的差异性，导致我国高等职业技术学院科研工作中普遍存在一些问题，如生产要素投入较高，成果应用型不强，评价体系不科学，教师积极性不高等情况，这些情况迫切需要改善，通过有效的激励方式来优化科研管理机制，促进高职院校科研管理提档升级，适应高职院校转型与发展的新形势。　　本文对我国高等职业技术学院科研管理机制及现代激励理论的相关理论进行了综述和辨析，对比普通高等院校与高职院校在科研管理方面的异同，总结了高等职业院校科研管理的经验与收获，对高等职业院校科研管理的现状进行了深入剖析，以重庆XX职业技术学院为例，对学院科研管理存在的问题进行分析，通过激励理论进行引导，结合学院办学特点和所处阶段，提出优化管理机制的建议，为营造学院造良好的科研环境提供一定的建议与对策。