随着我国高等教育的快速发展,大学的组织结构和管理体制都发生了很大的变化。为了实现“985”工程提出的建立世界一流大学的目标,我国高水平大学以资源共享和提高办学效益为目的的大学内部管理体制改革正在逐步进行,实行学院制已经成为各高水平大学改革的趋势,学院制的建设既对大学管理起到了优化作用,也由于盲目的追求产生了一系列的问题。我国高水平大学的学院制改革已在不断深化和全面展开,在强调学院制对于我国大学的适应性的同时,更应该清楚地看到在运行过程中出现的需要解决的新问题。我国高水平大学学院制的建立受到一些因素的影响,为了达到建立世界一流大学的目标,必须要理论与实践相结合,但是现实中这两个方面存在许多不协调的地方,这些是制约高水平大学学院制发展的根源所在。论文首先从我国高水平大学学院设置的数量入手,概述了我国高水平大学学院数量设置的历史以及在不同时期对学院的发展、我国高水平大学学院设置现状以及学院设置的比较情况,从而进一步分析出我国高水平大学学院制演变的规律特点、学院设置中存在的问题以及对世界一流大学学院设置的借鉴。其次是对我国高水平大学学院设置基础进行分析,通过对我国高水平大学学院设置的方式、原则和特点问题的研究,并结合国外一流大学学院设置的一般模式,提出我国高水平大学实行学部制改革的方向。最后是对我国高水平大学学院自主权的分析,主要是通过大学与学院的关系和职能部门与学院的关系来论述我国高水平大学实行学院制的模式,进而提出我国高水平大学管理重心下移的对策和建议：加强学院内部建设和基层学术组织再造。