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目的:调查了脑力劳动者发生焦虑、抑郁和睡眠障碍的现状,并进一步分析焦虑、抑郁与CLOCK、PER2、RORA基因多态性及其交互作用对睡眠障碍的影响,从而为降低脑力工作者睡眠障碍的发生风险提供科学参考。方法:本研究于2021年12月至2022年5月在新疆医科大学健康管理中心通过整群抽样选择2100名脑力劳动者,研究对象的焦虑、抑郁以及睡眠障碍情况应用焦虑自评量表（SAS）、抑郁自评量表（SDS）和匹兹堡睡眠质量指数量表（PSQI）进行测定。应用im LDRTM基因分型技术对748名脑力劳动者（睡眠障碍组和睡眠正常组中各随机抽取374人）的CLOCK、PER2、RORA基因进行分型,分析CLOCK、PER2、RORA基因多态性以及交互作用与睡眠障碍关系。结果:1)本次研究共发放问卷2100份,最终确定1994份问卷为合格。脑力劳动者中男性853人（42.78%）,女性1141人（57.22%）,年龄（34.00±8.66）岁;2)脑力劳动者焦虑检出率为31.09%,不同性别、倒班、学历、职称、职业和月收入组间焦虑的检出率差异较大并且具有统计学意义（P＜0.05）;脑力劳动者中有517例（25.93%）发生了抑郁,除了在不同年龄、工龄和婚姻状况组间,抑郁检出情况在其他人口学特征不同组间差异都有统计学意义（P＜0.05）。3)脑力劳动者睡眠障碍的检出率为27.88%,其中女性、年龄＞45岁、离异或丧偶、倒班、大专及以下学历、初级及以下职称、医务人员和月收入为5000～8000元的脑力劳动者其睡眠障碍的检出率均较高（P＜0.05）;4)不同焦虑、抑郁程度组间睡眠障碍的发生率有差异（P＜0.001）;焦虑、抑郁得分与PSQI得分（rs=0.626,rs=0.661,P＜0.001）及其各维度得分均呈正向关系;5)多因素回归分析发现年龄＞45岁、倒班、职业为行政人员、月收入为5000～8000元、焦虑和抑郁均可增加脑力劳动者睡眠障碍的发生风险（均P＜0.05）。6)CLOCK基因的rs10462028、rs11932595位点、PER2基因的rs934945位点的各基因型和等位基因频率在睡眠障碍组和睡眠正常组间的分布差异较显著（均P＜0.05）;7)SHEsis软件结果表明,CLOCK基因的A-G和G-A单体型在睡眠障碍组和睡眠正常组中存在差异（P＜0.05）;PER2基因的C-G和T-G单体型在病例和对照组间中分布差异较显著（P＜0.05）。8)GMDR软件建立的rs10462028、rs11932595和rs934945位点之间拟合的基因-基因交互模型最优,rs934945、焦虑和抑郁三者之间拟合的基因-环境交互模型最优;位点rs10462028、rs11932595、rs934945的交互作用（OR=2.816,95%CI:1.742～4.550）和位点rs934945、焦虑、抑郁的交互作用（OR=10.461,95%CI:3.695～29.621）会使脑力劳动者睡眠障碍的发生风险增高（P＜0.05）;9)睡眠障碍贝叶斯网络模型结果显示焦虑、抑郁以及倒班对睡眠障碍的影响程度较高。结论:1)脑力劳动人群焦虑、抑郁程度较严重,在焦虑、抑郁组睡眠障碍的检出率较高。2)脑力劳动人群睡眠障碍的检出率为27.88%,年龄＞45岁、倒班、职业为行政人员、月收入为5000～8000元、焦虑和抑郁均可增加脑力劳动者睡眠障碍的发生风险。3)脑力劳动人群CLOCK基因的rs10462028、rs11932595位点与PER2基因的rs934945位点的基因型及等位基因在不同睡眠障碍组间有差异;位点rs10462028、rs11932595与rs934945之间的交互作用会使脑力劳动人群发生睡眠障碍的风险增加;位点rs934945与焦虑、抑郁之间的交互作用会增加脑力劳动人群睡眠障碍的患病风险。4)睡眠障碍贝叶斯网络模型结果显示焦虑、抑郁以及倒班对睡眠障碍的影响程度较高。