【摘 要】
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大量的研究已经证实了环状RNA分子(circular RNA,circRNA)在动物和植物中普遍存在。已有研究表明这种环状RNA分子具有miRNA海绵体的功能,能够调控其母基因的表达,最近的研究
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大量的研究已经证实了环状RNA分子(circular RNA,circRNA)在动物和植物中普遍存在。已有研究表明这种环状RNA分子具有miRNA海绵体的功能,能够调控其母基因的表达,最近的研究表明环状RNA能够编码蛋白。目前,已经有大量针对环状RNA预测的生物信息学方法,同时在不同物种中预测了大量的环状RNA。但是实验验证的环状RNA仍然有限,特别是植物环状RNA验证率低下。本研究选择模式植物水稻,结合我们之前通过生物信息学方法预测的水稻环状RNA结果,探索针对水稻环状RNA实验鉴定的优化方法,并获得实验验证的水稻环状RNA。这些结果为后续植物环状RNA形成机制、功能分析打下基础,具体结果如下:(1)通过优化线性转录本消化酶RNaseR的消化过程,将RNaseR消化与现有的RNA提取试剂盒结合使用,与传统方式相比,进一步提高了环状RNA富集的浓度;将Touch down PCR程序应用于环状RNA的验证,与传统PCR程序相比,提高了环状RNA扩增过程中的特异性。(2)利用上述方法,共鉴定到128个水稻环状RNA。其中,我们获得了70个水稻环状RNA的全长,获得了 5组存在大量可变环化的环状RNA位点。分析结果进一步显示,水稻中存在大量的非典型剪切信号(non-GT/AG)的环状RNA。此外,我们尝试验证了融合环状RNA(不同位点或不同染色体上形成的环状RNA),证明了两个融合连接位点的存在。
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