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本文采用微卫星(Microsatellites)和随机扩增多态性DNA(RAPD)分子标记手段研究西太平洋蓝鳍金枪鱼Thunnus thynnus和黄鳍金枪鱼Thunnusalbacares遗传多样性;并首次应用mtDNA细胞色素b基因和核糖体转录间隔区1部分片段的序列分析,对鲭科31种鱼类的分子系统进化进行研究,主要结果如下:1、运用Microsatellites和RAPD分子标记研究了蓝鳍金枪鱼的群体遗传多样性,在Microsatellites分析中筛选出10个Microsatellites引物,多态座位比例为100%、Shannon’s遗传多样性指数1.1622、群体平均杂合度0.6486。微卫星位点的多态信息含量(PIC)为0.3571～0.8187,平均0.5462,表明西太平洋蓝鳍金枪鱼的群体遗传多样性处于较高水平。RAPD分析中18个引物共扩增出96条0.25～2 kb的片段,多态位点比例33.3%,Shannon’s遗传多样性指数为0.2430,均低于Microsatellites的分析结果。可见,与RAPD相比,高灵敏度的遗传标记微卫星能更好更完善地揭示群体的遗传多样性。2、运用Microsatellites分子标记研究了黄鳍金枪鱼的群体遗传多样性,10对微卫星引物分析共检出54个等位基因,平均每个位点的等位基因数为5.40;多态座位比例为100%、群体平均杂合度0.6486。微卫星位点的多态信息含量(PIC)为0.3080～0.8720,平均0.5637,表明西太平洋黄鳍金枪鱼的群体遗传多样性也处于较高水平。3、应用PCR技术扩增了mtDNA细胞色素b基因1个含311个碱基的序列区,通过邻接法、最大简约法和最大似然法构建鲭科12属31个种类的分子系统树。研究结果确认了金枪鱼属处于系统进化树的顶端,代表着最新演化的种类,是鲭科中最繁盛的一属,也是目前系统发育的高峰。狐鲣属和刺鲅属的系统分化地位在不同分子系统树中的结果不太一致。与传统形态分类相同,鲣属、鲔属和舵鲣属显示与金枪鱼属很近的亲缘关系,它们均归入金枪鱼族。在金枪鱼族的系统进化分析中,转录间隔区1的研究结果基本与细胞色素b的结果一致,仅在金枪鱼属内各个种之间的进化关系有所不同。