随着高等教育大众化进程的加快，独立学院作为一种以新机制新模式的高等教育形式，发展十分迅速，已经成为我国高等教育的重要组成部分。在试办独立学院的过程中出现了很多问题，像谁举办，谁投资，以及举办和投资资格，利益相关者，委托—代理和治理模式等问题。这些都要求独立学院能够构建一个良好的治理结构来解决这些问题。一个完善的高校治理机制应该包括外部治理和内部治理两个层面，外部治理是内部治理实施的框架和约束，内部治理则以外部治理为基础，是外部治理的内生性制度安排。本文研究独立学院外部治理主要是在政府宏观调控，社会广泛参与基础上所建立的制度框架与约束中进行的，主要包括政府关于独立学院法律法规制定、评估检查办学质量和经费资助等方面，而社会参与治理主要包括外部利益相关者参与独立学院董事会决策，独立学院与社会市场相协调和民间中介结构参与评估独立学院等方面。本文研究独立学院内部治理主要是分析独立学院决策、监督、激励机制，并合理定位独立学院董事会、校长及其下属执行机构、监督机构的权利和义务，使形成独立学院良好的激励和约束机制。最后通过借鉴国内外高等学校治理结构的经验，认为独立学院治理应采取利益相关者共同治理模式，并对此进行了一定程度的理论分析。