全面预算管理是企业内部管理控制的方法之一,已发展成为国内外企业管理的一项基本制度,它的作用在于量化企业战略目标,高效配置企业资源,进而提高管理效率。随着世界科技的蓬勃发展和国际间科技竞争的加剧,各国政府越来越重视科技创新。当前,国家持续加大对科研创新项目的投入力度,科研院所得到了前所未有的科研经费支持,为了更好地使财政资金发挥创新推动和引导作用,国家也逐步加强了针对科研经费的监管和审计力度。科研院所作为科技创新的主力军,科学有效地管理经费,让资金发挥最大效益,建立健全适应现阶段发展需要的高效预算管理体系势在必行。W研究所作为国家重点药物研究机构之一,由于缺乏外部和内部约束机制,原有松散粗放式的管理已不能适应当前的发展需要,因此,完善W研究预算管理体系刻不容缓。本文借鉴国内外全面预算管理的基本理论和实践经验,结合当前科研事业单位预算管理改革的时代背景,探讨科研事业单位推行全面预算管理的必要性。以W研究所为研究对象,分析其预算管理现状,通过问卷调查分析全面预算管理的问题,并深入剖析存在问题的原因,提出改进及优化建议。论文在研究上,综合全面预算管理理念以及科研院所的特点分析,进行预算前瞻性管理研究,促使其可以充分实现资源的整合,同时使科研院所能够有效地进行成本管控,实现重点项目的保障,确保预算资金得以高效利用,进而推动科研成果的高效转化,促使我国经济建设能够实现更高效和飞速的发展。