以往研究表明我国农业是典型的弱质农业,人均耕地面积仅1.43亩,只有世界平均水平的1/3。农业是国民经济的薄弱环节,随着国民经济的快速增长,农业与国民经济整体发展不协调的矛盾日益显现。农业生产具有较强的外部性,单纯依靠私人投入无法满足社会对其产品的需求,需要政府对农业生产进行干预。内蒙古自治区农业生产的特点和生态建设的外溢性决定财政支农是内蒙古农业发展和农民增收的客观需要,财政支农支出关系到农业生产与生态建设的发展,更对社会和谐与稳定有着重大影响。本文以公共财政理论以及福利经济学和农业经济学中相关理论为基础,运用比较分析法、趋势分析法,利用线性回归分析、协整检验等现代经济计量学方法,以内蒙古自治区为例,通过对总量效率、结构效率和资金使用效益三个层次来对财政支农支出效率进行分析和评价。通过总量效率的分析,得出内蒙古财政支农支出的总量在全国范围处于较高水平,但在不同年份之间波动很大的结论,加以完善,将使内蒙古财政支农支持力度水平提高;通过结构效率的分析,得出科研、建设类资金比重较低,投入结构中管理类资金比重偏高的结论,内蒙古在合理地把农业财政资金投入到农业的各个领域,使农业财政投资达到合理的结构方面,有很大的可作为空间;通过资金使用效益的评价,计量分析表明内蒙古财政支农资金的使用效率还未得到充分的挖掘。内蒙古可以使有限的资金的投入效率达到最大,最终达到优化内蒙古财政支农支出效率、提高财政支农支出决策水平的目的。内蒙古对农业支持力度不断加大,但财政支持农业还不够成熟,通过理论研究与实证研究,在重点分析财政支农支出增长波动、财政支农支出投入结构、财政支农支出的有效监督、财政支农支出在发挥财政资金调控作用等有关问题的基础上,相对应地提出了建立健全财政支农资金稳定增长机制、优化支农支出结构、改进现有预算编制程序和编制方法、提高资金使用效率等提高内蒙古财政支农绩效的相关建议。