近年来，随着我国的经济建设飞速发展，政府投资各类民生工程项目也越来越多，工程项目建设投资规模也越来越大，资金额度也在不断增加，如何正确而高效的使用建设资金，如何快速而有效的提高政府投资项目的管理水平，这些问题都给政府工程项目的管理提出了更高的要求。作为工程项目管理中的重要部分，完善工程项目的内部控制体系，不仅能有效促进项目内部管理的加强，更能够提高经济效益和管理水平。H市水务投资公司城市防洪工程项目包括太平溪防洪堤和太平溪两岸风光带建设两个部分，太平溪防洪堤于2011年底已完工，同时，太平溪两岸的风光带建设2011年底开工，预计2013年中旬完工。该城市防洪工程项目在建设过程中有着一套基本完备的内部控制制度，对工程的建设起到了良好的指导作用。然而，在具体建设过程中，内部控制制度执行力度不够，项目的内部控制存在漏洞，本文系统的分析了H市水务投资公司城市防洪工程项目内部控制中存在的问题并提出了改进的措施。本文运用企业内部控制制度相关理论，以H市水务投资公司城市防洪工程项目的建设为案例，针对该工程项目内部控制存在的问题，从控制环境、风险评估、控制活动、信息与沟通、内部监督五个方面分析了问题存在的原因，并提出改进该项目内部控制的建议。本文的研究为完善我国城市防洪工程项目的内部控制制度和实践提供了一些参考和借鉴。