自古以来水利工程与人们的各种基本活动有着密切的联系，水利工程就是对自然界的地表水和地下水进行控制、管理、部署、保护、开发和利用，以达到除害兴利的目的而修建的工程。但是，国内水利枢纽环境风险评价还没有完整的评价体系，随着我国水利工程的快速发展和建设，迫切需要进一步研究水利工程环境风险综合评价体系。本文紧密结合我国水利工程环境风险问题现状，分析国内外水利工程环境风险评价已有的研究成果，建立水利工程环境风险综合评价指标体系，提出了水利工程环境风险综合评价基本方法，并结合长沙市综合水利枢纽工程进行了实例研究。论文主要内容包括：(1)分析了目前我国水利工程的环境风险现状，指出其主要存在的环境风险类型，阐述水利工程环境风险综合评价指标体系的必要性和迫切性，分析总结国内外水利枢纽工程环境风险综合评价的研究动态和主要成果。(2)给出环境风险及环境风险评价的概念，提出水利工程环境风险综合评价的基本步骤，即：准备工作阶段、环境风险识别阶段、建立指标体系、风险综合评价阶段和环境风险管理阶段。(3)提出水利枢纽工程环境风险综合评价指标体系建立的原则和方法，从水环境风险、生态健康风险和公众健康风险三个方面建立水利枢纽环境风险综合评价指标体系。提出列表清单法、关联矩阵法、层次分析法等环境风险综合评价方法。(4)结合湘江长沙综合枢纽工程实例，利用本文提出的水利枢纽工程环境风险综合评价指标体系和评价方法进行综合评价，对其评价结果进行分析并给出相关风险管理措施。