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水稻是最重要的粮食作物之一，世界上有50％以上的人口以稻米为主食。构建水稻单片段代换系，在水稻的基因(QTL)定位、克隆以及遗传育种上有重要的意义。本研究建立了80个水稻单片段代换系；对本实验室建立的1529个单片段代换系数据进行系统整理，构建成单片段代换系数据库；改进了Ecotilling技术，并利用该技术进行抽穗期Hd6基因的等位基因分析。主要结果如下：
1.以华粳籼74为轮回亲本，7个来自世界不同地区的品种为供体，建立了80个单片段代换系。这些单片段代换系的代换片段分布于除水稻第10号染色体外的其它11条染色体上，代换片段长度在1.80cM～52.50cM之间，平均长度为16.80cM，代换片段的总长度为1332.00cM，覆盖水稻基因组的总长度为532.10cM，对水稻基因组覆盖率为34.86％。
2.对来自26个不同供体的1529个水稻单片段代换系数据进行整理，构建了单片段代换系数据库，并整合了代换片段图示、单片段代换系查询、数据输出以及BAC克隆浏览等功能。在此基础上，利用单片段代换系数据库对数据进行统计，结果表明，1529个单片段代换系的代换片段分布于水稻的12条染色体上，平均长度为18.78cM，总长度为28710.95cM，相当于水稻基因组全长的18.83倍，覆盖水稻的整个基因组。
3.改进了CELⅠ酶的粗提技术和Ecotilling的酶切检测技术，并首次将Ecotilling技术应用于水稻的等位基因分析。用Ecotilling技术对来源于4个不同供体来源的单片段代换系和华粳籼74所携带的Hd6基因进行等位基因分析，发现了一个新的Hd6等位基因。
单片段代换系数据库的建立为SSSL在水稻基因组学研究和聚合育种上的应用提供了数字化平台；将Ecotilling技术应用于水稻等位基因分析，为利用SSSL研究等位基因变异提供了新的思路和方法。