灵长类特异基因ZNF480在Myogenin启动子上的锌指蛋白结合位点分析

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KRAB框锌指蛋白中的锌指基序在进化过程中通过快速增加和频繁丢失形成了哺乳动物最大的转录因子家族。锌指蛋白基序的反复性和结构的灵活性使得锌指蛋白识别DNA结合位点的能力更为精确和特异,在适应性进化过程中形成了锌指蛋白功能的多样性。据统计,在人类742个锌指蛋白及341种预则序列中,有423个为KRAB框锌指蛋白,大约30%的KRAB框锌指蛋白为灵长类特有的。我们在公共数据库中筛选出159种灵长类特异的KRAB框锌指蛋白。基于这些灵长类特异锌指蛋白中各种基序的数目分析表明,KRAB-A-B型占据了KRAB框锌指蛋白的大部分,其余的分别为含KRAB-B、KRAB-BL、KRAB-b、KRAB-C基序或SCAN基序的KRAB框锌指蛋白。通过比较各种基序在转录活性及MAPK信号途径中的作用表明,KRAB基序具有保守的抑制转录活性,C2H2基序在灵长类和非灵长类锌指蛋白中呈多样性作用。KRAB和C2H2基序可以独立发挥作用,而这些基序之间的协调作用使得整个蛋白表现出多样性的功能。本室前期研究表明,ZNF480以剂量依赖的方式调节myogenin的活性,但是ZNF480是怎样调控myogenin仍然未知。我们通过启动子分析网站Genomatix分析myogenin启动子,发现人myogenin上存在有7个潜在的锌指蛋白结合位点(分别简称为ZBPF1~7),小鼠有6个ZBPF位点,大鼠有5个ZBPF位点。大鼠的5个ZBPF位点与人和小鼠的ZBPF位点在myogenin启动子上的位置相同。人的ZBPF1位点在小鼠和大鼠启动子上无对应位置,这个位点在3个物种中表现出较低的保守性。而人ZBPF3、小鼠ZBPF2、大鼠ZBPF1位点在三个物种中高度保守。我们通过EMSA实验证实,人ZNF480可以结合到人ZBPF1和ZBPF2位点上。根据人ZBPF1在3个物种中的碱基差别,我们进一步分析了人ZBPF1位点中每一碱基突变时对人ZNF480在人ZBPF1位点上的结合效率的影响。EMSA实验表明,其中3个碱基是进化保守碱基,这个3个碱基的突变导致人ZNF480不能结合在人ZBPF1位点上。我们利用HEK293细胞和小鼠C2C12细胞的EMSA实验表明,人ZNF480不能与人ZBPF3、人ZBPF4、小鼠ZBPF2和大鼠ZBPF1位点结合。综上所述,灵长类特异锌指蛋白ZNF480可以通过结合在myogenin启动子上的两个锌指蛋白结合位点对myogenin进行调控。
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