细胞周期依赖性激酶（cyclin dependent kinase,CDK）是一类Ser/Thr蛋白激酶，负责调控细胞周期的进程。CDK/周期素(cyclin)失调会导致细胞周期调控异常，这是引起肿瘤的重要原因。其中CDK2是一个非常关键的细胞周期蛋白依赖性激酶，抑制其活性可以达到治疗肿瘤的目的。本文通过分子对接和分子动力学模拟方法研究了两类抑制剂（嘧啶并嘧啶类衍生物和2，6，9-三取代嘌呤衍生物）与CDK2之间的相互作用并在此基础上设计了两种新型有效的抑制剂。实验结果表明，这些化合物均与CDK2活性口袋附近的氨基酸残基形成稳定的氢键，分子对接能与结合自由能的大小均与实验值IC50的顺序相一致。结合自由能由范德华作用能、静电作用能、极性溶剂化能和去极性溶剂化能构成，其中范德华作用能、静电作用能和去极性溶剂化能都为负值在结合自由能中占有主要的贡献。CDK2活性位点附近的氨基酸残基ILE10、VAL18、GLN85、LEU134在抑制剂与CDK2的结合过程中起重要的作用。这表明，抑制剂分子如果具有更多的疏水性基团可能会提高它们与CDK2的结合能力。另外，在嘌呤类衍生物与CDK2的复合物研究中发现，2，6，9位添加体积较大的基团有利于提高抑制剂与酶的结合能力。在此基础上，我们设计了两种化合物1和2并研究了其和CDK2的相互作用。从结合自由能和氢键数目/强度上来看，均强于本实验所用参考化合物。这为进一步设计新型CDK2类抗肿瘤抑制剂提供了理论参考。