在知识经济时代,科技创新对一国经济增长和社会发展至关重要。大学,尤其是研究型大学,作为知识生产、传播和应用的主体,是国家创新系统的重要组成部分,在科学研究、技术开发以及科技成果转化等方面发挥着重要作用,但同时也存在着不少问题。因此,社会各界普通关注大学科技创新活动的绩效评价及影响因素分析,探寻提升大学科技创新绩效的途径。本文在国家创新系统的视角下,探讨研究型大学科技创新活动及其绩效影响因素,换言之,把研究型大学科技创新活动视为国家创新系统中的一个子系统,分析其科技创新绩效的内外部影响因素。在实证研究部分,首先运用传统DEA和超效率DEA方法,测度了在2007-2010年我国50所教育部直属研究型大学的科技创新相对效率。然后,通过(super efficiency) DEA-Tobit两阶段法,对研究型大学科技创新总体效率的影响因素进行实证分析。此外,建立关于论文和专利的多元线性回归模型,进一步检验和分析这些因素对我国研究型大学R&D活动投入产出效率的影响。结果表明：(1)50所教育部直属研究型大学构成的评价体系中,12所大学处于DEA效率前沿面,在科技资源配置和整体规模上均达到了相对最优水平。其余38所大学基本上都处于规模报酬递增阶段,同时其中有30所大学在科技资源配置上是相对低效率的。(2)我国研究型大学科技创新绩效,主要受到内部科研人员素质以及大学与外部机构相互联系质量的影响。现阶段,区域市场化程度对我国研究型大学科技创新绩效的积极作用还未充分体现。(3)在各种外部因素中,国际科技交流活动、国家扶持力度以及国家工程(技术)研究中心对我国研究型大学的基础研究起着积极作用,可显著提高论文的产出效率。(4)在各种外部因素中,区域市场化程度、大学接受产业资助开展合作研究的强度、大学参与技术交易的活跃程度、国家扶持力度以及国家工程(技术)研究中心,对我国研究型大学的应用研究和试验发展有积极的影响,可显著提高专利的产出效率。(5)现阶段,国家大学科技园对我国研究型大学科技创新绩效的积极作用尚不明显。