应用慢病毒shRNA文库结合二代测序筛选白血病细胞系增殖相关lncRNA

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目的:长链非编码RNA(lncRNA)是包括细胞增殖在内的许多细胞过程的重要调节因子。虽然已有研究表明多种lncRNA在造血系统恶性肿瘤的发生发展过程中发挥重要作用,但是缺少一个更全面和无偏倚的方法以筛选出可能成为白血病临床治疗靶点的 lncRNA。方法:我们试图运用慢病毒shRNA文库结合二代测序筛选白血病细胞系增殖相关lncRNA。我们首先确定质粒文库包装成慢病毒文库后病毒感染细胞的适宜条件;然后利用shRNA文库结合高通量测序的方法筛选对白血病细胞系增殖有影响的lncRNA;在细胞中以shRNA对筛选出的某一lncRNA进行靶向敲降,检测该lncRNA被敲降后细胞的增殖能力以及对细胞周期和凋亡的影响。同时实验探究lncRNA在细胞中的相对定位,为后续进一步研究奠定基础。结果:通过shRNA文库结合高通量测序对影响白血病细胞系增殖的lncRNA的筛选,确定了74个候选lncRNAs;我们从中选取lncRNAC20orf204-203作为验证研究对象,进一步实验表明C20orf204-203在K562和THP-1细胞系中均定位于胞质,敲降C20orf204-203的K562和THP-1细胞系增殖能力降低,早期凋亡细胞增加,BAD基因在mRNA水平上表达量增加,TP53、BCL2蛋白表达量下降,在THP-1细胞系中Caspase3蛋白表达量减少,活化的Caspase 3蛋白表达量上升,但是在K562细胞系中caspase 3蛋白表达量减少以及活化的Caspase 3蛋白表达量上升不明显。结论:我们的研究表明利用shRNA文库结合高通量测序大规模研究lncRNA在白血病细胞系中发挥作用是可行的。在白血病细胞系中敲降lncRNA C20orf204-203会使细胞增殖能力降低,但其在不同细胞中的作用途径和机制还需进一步实验研究。
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