应用全外显子组测序技术对一个遗传性多发性骨软骨瘤家系致病基因的研究

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目的:遗传性多发性骨软骨瘤(Hereditary Multiple Exostosis,HME)是一种常染色体显性遗传骨骼疾病,其特征为骨表面形成多个有软骨覆盖的良性肿瘤,这些外生性瘤体除了对周围组织造成压迫,影响患者健康外,并发恶性软骨肉瘤的风险也增高。本研究通过对一例典型的中国HME家系进行基因检测,以寻找该家系的致病突变,旨在为其遗传咨询和产前诊断提供帮助,并为HME致病机制的进一步研究奠定基础。方法:收集一例4代15人的HME家系,选取家系中4例HME患者(Ⅱ3、Ⅲ1、Ⅲ2、Ⅳ1)和4例未受影响的家系成员(Ⅱ1、Ⅱ2、Ⅱ4、Ⅱ5)纳入本研究。收集整理家系临床资料,采集上述8例家系成员的外周抗凝静脉血,提取基因组DNA。对先证者(Ⅲ1)进行全外显子组测序,之后对测序结果进行完善的生物信息学分析包括对原始数据的质控、过滤、比对、变异识别、变异过滤、变异注释等,来筛选可疑致病突变位点,然后对其进行PCR及Sanger测序验证,检测是否符合家系共分离。同时对可疑致病突变位点进行保守性分析、蛋白功能预测、以及从ANNOVAR注释结果中查询其基因频率以及致病性预测结果。结果:通过全外显子组测序、生物信息学分析和Sanger测序验证,发现该HME家系中4例患者均携带EXT1 c.1258G>T(p.E420X)突变,而家系中正常人群均未携带该突变,符合家系共分离。且该突变为一新发杂合无义突变,位于EXT1基因的第4号外显子,在此处提前引入翻译终止信号,产生羧基端缺失326个氨基酸的截短型EXT1蛋白,使EXT1蛋白丢失其重要功能结构域—“糖基转移酶结构域”。结论:本研究在一例HME家系中发现了一个新的致病性EXT1突变c.1258G>T(p.E420X),为该家系明确了基因诊断,同时为HME分子致病机制的进一步研究奠定了理论基础,也丰富了HME的突变谱。
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