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大豆在中国种植五千年,是油料和蛋白质的重要来源。黄淮海是中国大豆生产的主产区之一,研究黄淮海主要家族大豆育成品种的遗传多样性与群体遗传结构对大豆育种及大豆种植资源的评估与保存、育种和亲本的选配选具有重要意义。功能标记是表型基因序列开发的标记,对有系谱中的利基因跟踪、作物辅助选择及分子设计育种具一定的指导意义。实验采用SCoT、TRAP、EST-SSR和QTL相关SSR四种功能标记分析我国黄淮海重要祖先亲本滨海大白花(A034)、即墨油豆(A133)和铜山天鹅蛋(A231)共105份大豆育成品种进行遗传多样性和不同地理区域间及不同时期遗传结构研究。研究结果如下:1.利用SCoT、TRAP、EST-SSR和QTL相关SSR四种功能标记对3个家族105份黄淮海和南方大豆育成品种的基因多样性平均值分别为0.611、0.424、0.303和0.236;EST-SSR标记基因多样性的水平最高(0.611),SSR标记最低(0.236),多态信息含量(PIC)平均值分别为0.581、0.323、0.248和0.839,SSR标记的PIC最高(0.839),TRAP标记最低(0.248)。三个家族中基于EST-SSR标记以A034家族遗传多样性水平最高,A133和A231接近,基于SCoT标记以A034和A231家族遗传多样性水平接近,A133相对稍低些,基于TRAP标记以A034家族遗传多样性水平最高,A133相对稍低些。2.按1964-1980、1981-1990、1991-2000和2001-2004四个育成年份将105份大豆育成品种分成4个亚群,EST-SSR功能标记研究表明三个家族的Nei’s基因多样性(H)和多态性信息含量(PIC)变化趋势基本相同,三个家族的遗传多样性较为丰富且稳定;SCoT标记的各家族的Nei’s基因多样性(H)和多态性信息数值(PIC)变化趋势基本相同,SCoT功能标记的中国大豆育成品种三个家族的遗传多样性不高,趋势不稳定;TRAP功能标记的中国大豆育成品种三个家族的遗传多样性不高,遗传多样性在逐渐降低;QTL相关SSR功能标记的中国大豆育成品种三个家族的多态性指数都很丰富,但基因的遗传多样性在逐渐降低。3.利用105份大豆育成品种四种功能标记分子数据进行群体遗传结构研究,STRUCTURE软件对四种功能标记的数据进行遗传结构分析,结果其K值分别为4~6,其中EST-SSR和SCoT标记K值为4,结果相近,TRAP标记K值为6,QTL相关SSR标记K=5,总体来说群体遗传分析结果和系谱分析信息相吻合,四种分子标记对3个家族的大豆育成品种群体遗传分析结果表明黄淮海大豆种质交流频繁,大豆育成品种和地理来源无关,各省份品种分散分布于各类群中。4.基于四种功能标记分子数据的105份大豆育成品种进行UPGMA聚类分析表明:SCoT标记数据在遗传距离D1=0.55时,105份大豆育成品种聚为两大类,聚类分析表明大豆育成品种的遗传距离与地理来源有关,相同地理位置相近的大豆育成品种个体有趋向于聚集到一起。基于TRAP标记分析相似系数D1=0.58处,105份大豆育成品种聚为三大类,TRAP标记数据聚类分析表明大豆育成品种的亲缘关系与地理来源分布较为分散。基于EST-SSR标记数据聚为三个亚群,聚类分析结果表示来自相同地理位置的大的大豆并没有全部聚集到一起。QTL相关SSR功能标记的大豆育成品种UPGMA聚类分析将105个大豆个体较为均匀的聚为3类亚群,大豆育成品种的亲缘关系与地理来源分布关联不大。四种功能标记群体遗传结构分析均表明省间大豆育成品种种质的交流较多。