基层治理是国家治理的基础,没有基层治理现代化,就没有国家治理现代化。在国家创新基层治理格局的大前提下,乡村多元治理主体能否协同合作,承担起乡村振兴对于治理主体功能的要求,直接影响了乡村振兴战略总要求的实现。农村专业合作社是我国农村社会中极为常见的经济组织,在多年的发展中,农村专业合作社已经成为了许多地区农村经济发展和社会治理的重要形式,特别是农民的主动参与,推进了各类事务的有效落实,也促进了农村社会的整体发展。然而现实中大部分农村专业合作社在参与基层治理的过程中“有名无实”,存在体制、能力、资金等各方面的参与局限性,如何破解这些局限性,提升农村专业合作社组织参与效能是本文研究的目的。本研究中通过对相关的文献资料进行搜集整理和归纳分析,并结合实地调研,采取问卷调查和访谈的形式,对甘肃会宁县的农村专业合作社参与基层治理的现状进行了解,并以相关理论为基础进行了问题和原因的分析。总的来说,当前农村专业合作社在参与基层治理的过程中存在着一些普遍性的问题,也有区域性的特点,譬如合法身份的缺失以及群众参与度不高和制度体系建立不完善等等。存在问题的原因有:自身的定位不清,资源有限、相关的法律法规不健全、受到现有体制的过多干预、外部发展环境不良,针对问题原因提出了相关优化建议:发展壮大农村专业合作社,对其进行精准定位、完善农村专业合作社参与基层治理的法律法规、健全农村专业合作社参与基层治理的体制机制、搞好农村专业合作社参与基层治理的外部环境等。基于基层治理现代化的农村专业合作社是当前农村经济社会发展十分有效的模式,值得广大农村地区借鉴和采用,并且结合本地的实情进行拓展和完善,从而推动乡村振兴战略的尽早实现。