当前,人类基因组计划已经取得了决定性成功.正全面进入信息提取与数据分析的崭新阶段;人类的遗传语文将被逐渐释读出来,功能基因组和蛋白质组的研究将广泛开展,遗传信息与生物体代谢,发育,分化,进化之间的关系也将逐步被人类所认识.在这个已经积累了足够多的基因组数据,但许多重大规律尚未被发现之际,生物信息学的研究正面临着严峻的挑战和千载难逢的机遇.该论文以完整基因组为对象,对生物信息学的两个热点领域--非编码区序列特征和生物进化两方面--进行了探讨,得到了一些有意义的结果.1.真核生物DNA非编码区的组分及其复杂度分析.人类基因组中多达95﹪至97﹪的部分是非编码区.如何深入了解这些非编码区序列的功能是当前科学家们面临的一个真正挑战.困难的原因在于非编码区数据庞大,序列类型复杂,因而可能具有多种信息功能.2.基于COGs分类数据的生物进化研究.中科院生物物理所润生实验组提出了一种几何学方法,使用此方法可利用全基因组信息构建系统进化树.使用这种方法,我们分别用36.38.43和63个基因构建的进化树都很好地与Woese的三界理论相一致.这一方法克服了其它基于全基因组信息构建系统发育树时,由于基因组大小悬殊而导致的算法困难.同时也能减少因基因横向迁移所造成的对基因组间距离计算准确度的影响.