利用寡核苷酸芯片检测部分白血病相关基因改变

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目的:白血病发生发展过程中存在许多遗传物质的改变。Ph染色体是最早发现的白血病相关染色体,可见于90%的CML。Ph染色体导致BCR-ABL融合基因形成,其与CML关系密切。Ph阴性的CML患者也可分为有BCR重组和无BCR重组两型。两者的预后有所不同。除了与染色体异常直接相关的基因改变外,白血病也包含了其它许多基因的异常表达。例如在多种肿瘤中都比较常见的抑癌基因P53、K-ras点突变。P53基因失活与慢性粒细胞白血病的急变、病情进展密切相关。K-ras突变虽然在白血病不常见,但据报道也在白血病的发生、发展中起到一定的作用。由此可见白血病相关基因改变的检测,对白血病的诊断、分型、临床用药方案的选择、预后的判断等均具有重要的临床意义。本课题目的在于通过制备寡核苷酸芯片来检测上述的两种白血病基因改变。方法:首先在制备出寡核苷酸芯片的基础上,针对融合基因,以明确表达和不表达BCR-ABL的细胞株为研究对象,用提取的细胞总RNA进行逆转录标记,最后与芯片杂交的方法来达到检测的目的;针对点突变,以临床收集的白血病病例骨髓标本为研究对象,用提取的基因组DNA进行PCR扩增并标记,最后与芯片杂交的方法来进行检测。结果:制备好的寡核苷酸芯片用芯片扫描仪进行扫描。可见背景均匀,无明显高信号斑点或区域;矩阵符合预先设计;斑点点样均一,形状规则,各点之间无混杂。符合预期结果。融合基因检测中发现:在较低温度下杂交,芯片背景较差、探针杂交信号较强但基本所有探针均有信号无法达到区分的目的。随杂交温度的提高,背景效果逐渐改善,BCR-ABL探针与BCR、ABL探针出现信号强度差异。但温度达到51℃后,所有探针杂交信号减弱明显,无法判断结果。改用适于较高温度的杂交液后信号也无明显改善。芯片洗脱时发现随着洗脱温度升高,BCR、ABL、BCR-ABL三种探针的信号均有较明显的减弱,对增加特异性作用不大。综合比较诸多影响因素,得出了能比较特异检测BCR-ABL融合基因的检测条件。<WP=7>突变检测中,总共对39例提取的病例基因组DNA进行了筛选。根据杂交结果进行分析共检测出P53突变8例、K-RAS突变4例。其中P53突变包括ANLL M3 2例、M2 3例,ANLL-M5、ALL、CML各1例。K-ras突变包括CML 3例,ALL 1例。结论:本文通过制备寡核苷酸芯片检测出了白血病样品中的融合基因与基因突变。认为基因芯片技术作为目前一种比较新的检测手段,在白血病基因检测中有自己独特的优势,例如可以同时检测多个样品的多种基因的改变或一种基因的多种改变;检测所需时间、设备不多等。如果能进一步控制成本,提高检测灵敏度与准确度,则今后临床应用的前景非常广阔。
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