21世纪以来,跨学科研究已成为科技事业发展的关键部分。跨学科研究实现了研究范式的转移,即掌握单一学科知识的学者们组成的学术研究组织已逐渐无法满足科研工作的需求,不同领域的科技工作者合作开展跨界、跨学科研究,共同推进重大项目的科技突破已成为大势所趋,问题导向型跨学科研究组织是为了解决社会发展与科技进步过程中的问题而建立的。我国现有的问题导向型跨学科研究组织发展时间较短,还处于出创立和发展阶段,在具体的运行过程中还面临着效率不高等诸多问题。本论文深入分析和阐述了问题导向型跨学科研究组织的本质属性和运行特征,通过梳理国内问题导向型跨学科研究组织的发展历程和运行现状,归纳提出了问题导向型跨学科研究组织运行机制的分析框架,在这基础上进一步分析了我国目前问题导向型跨学科研究组织运行的主要障碍,包括管理体制陈旧、经费投入不足和组织制度不健全等对问题导向型跨学科研究组织运行机制的制约和影响。根据问题导向型跨学科研究组织的不同类型,通过对麻省理工学院CSAIL计算机科学与人工智能实验室、加州大学ORU跨学科研究中心以及斯坦福大学独立跨学科研究机构Bio-X研究中心的成功经验展开案例研究,在分析国外高校政策支持和组织制度建设的基础上,总结概括了典型问题导向型跨学科研究组织运行机制优势的经验启示。论文最后从政府的政策引导和平台建设、高等学校的组织支持和人才激励、跨学科研究组织的自我提升三个方面,提出了促进我国问题导向型跨学科研究组织发展的对策建议。