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广西南丹瑶鸡是广西优良的地方品种之一,其特点是皮薄、肉质好。PGC-1α是脂肪沉积和能量代谢的关键因子,其编码区646位点的多态性与脂肪沉积量高度相关。为了探讨PGC-1α基因对广西南丹瑶鸡脂肪沉积的调控,本研究克隆和分析了广西南丹瑶鸡PGC-1α基因编码区(CDS)的全序列,检测了鸡PGC-1α基因编码区646位点的多态性,探讨了PGC-1α和PPARγ基因在PGC-1α基因646位点不同基因型中的表达。PCR扩增并克隆获得广西南丹瑶鸡PGC-1α基因CDS序列。与GenBank上的参考序列(NM 001006457.1)相比存在10处碱基突变,其中T51C, T81C, T90C, CHIT, T465C, C741T, C1572G7处为同义突变,G646A, T1579G, T1720C3处为错义突变,分别造成天冬氨酸突变为天冬酰胺,丝氨酸突变为丙氨酸,丝氨酸突变为脯氨酸。用STRING软件预测,发现广西南丹瑶鸡PGC-1α与PPARγ蛋白存在互作。以广西麻鸡作为对照,利用PCR-RFLP技术分析了广西南丹瑶鸡PGC-1α基因646位点的多态性。结果显示,广西南丹瑶鸡和广西麻鸡PGC-1α基因646位点都存在A和G两个等位基因,A等位基因频率在广西南丹瑶鸡和广西麻鸡分别为0.35和0.23。两个等位基因组成AA、AG和GG三种基因型,其频率在广西南丹瑶鸡分别为0.05,0.60,0.35,在广西麻鸡分别为0.07,0.33,0.6。利用荧光定量PCR(QPCR)技术分析了PGC-1α和PPARγ基因在广西南丹瑶鸡PGC-1α基因646位点三种不同基因型的肝脏、皮肤和腹脂中的表达。结果显示,在肝脏组织中,PGC-1α和PPAγ在PGC-1α基因编码区646位点不同基因型中的表达趋势一致,两个基因在AA型中的表达量都显著高于GG型和GA型(P<0.05)。在皮脂组织中,PGC-1α基因在AA型个体中的表达量显著高于AG型和GG型(P<0.05),而PPARγ在AG型和GG型中的表达量则显著高于AA型(P<0.05)。在腹脂中,PGC-1α和PPARγ基因在AG型和GG型中的表达量都显著高于AA型(P<0.05)。综上所述,本研究成功克隆广西南丹瑶鸡PGC-1α基因编码区序列,全长为2388bp；与GenBank的参考序列(NM001006457.1)相比存在10处突变,其中7处为同义突变,3处错义突变；生物软件预测发现广西南丹瑶鸡PGC-1α与PPARγ蛋白存在互作；广西南丹瑶鸡PGC-1α基因区646位点的AG型高于广西麻鸡,广西南丹瑶鸡A等位基因频率高于广西麻鸡；PGC-1α基因646位点G→A的突变能影响PGC-1α和PPARγ基因的表达。本研究的结果将为揭示广西南丹瑶鸡皮薄的分子机理和为培育低脂优质的肉鸡品种奠定基础。