新疆基层组织特别是南疆农村基层组织承担着非常重要的社会功能，工作任务繁重，基层干部压力较大，而基层组织是落实自治区各项工作任务的根本力量，肩负重任，做好南疆基层组织建设的工作是新疆工作的重中之重，这就需要不断探索南疆农村社会各阶层结构和功能，寻求适应南疆农村社会发展特点的有效管理模式，村干部与宗教人士作为南疆社会阶层中的重要组成部分，两者间的互动关系好坏直接关系到南疆农村乃至全疆和谐稳定工作，如何构建村干部与宗教人士的良性互动关系，保障南疆基层协调发展，是我国基层组织建设中亟待解决的难题。　　本文从微观角度出发，深入南疆基层，以村干部、宗教人士及村民为主要调研对象，在阅读了相关文献资料做足基础准备的前提下，通过实地走访结合问卷调研的方式对目前村干部与宗教人士之间互动关系的现状进行了调查，并对村干部与宗教人士以及村民的基本情况、认知情况以及认知情况所引起的互动行为的表现进行了调研，村民是村干部与宗教人士互动关系的载体，村民的反应最能发现村干部与宗教人士互动关系的好坏。调研中发现农村基层工作难以开展，村干部与宗教人士缺乏互动，这一原因在于村干部与宗教人士在自身角色的认知和扮演中存在问题，村干部没有积极引导宗教人士发挥其在农村社会建设中的积极作用，在南疆浓厚的宗教氛围中，村干部的工作难以实施，存在有时对村民的影响力和号召力不如宗教人士的客观现实，因此，面对这一现实村干部应担起重任，主动与宗教人士沟通联系，提升自身素质，同时还应加强注重宗教人士的培养，建立良好互动平台，引导宗教人士发挥其积极作用，抵御其消极作用等方面的工作，深切贯彻党和政府引导宗教与社会主义相适应协调发展的重要工作要求，保障南疆农村社会协调发展。