肺结核病中CircRNA的表达及作用的初步研究

来源 :新疆医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:lilianmm
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目的:本课题通过筛选肺结核病患者与对照人群全血样本之间差异表达的circRNA及mRNA并在人群中进行大样本的验证,确定相关生物标志物,并且通过结合miRNA的筛查及验证以期在分子水平解释结核感染的机制。方法:收集新疆地区肺结核患者3例及对照组3例全血标本,利用全转录组测序技术进行测序,获得circRNA表达谱及mRNA表达谱。根据P值以及FC值初步确定候选基因;收集新疆地区肺结核病患者83例,同时期收集同地区健康对照者90例,进行RT-qPCR验证;并且分析40例其他肺部疾病患者差异基因的表达量,以分析其与研究组的相关性。接着利用miRNA芯片将差异circRNA与mRNA结果进行关联,以期找到与结核感染有关的基因及通路。结果:1)全转录组测序结果显示差异表达的circRNA 835个,其中249个表达上调,586个表达下调。差异mRNA1218个,其中430个上调,788个下调;miRNA芯片筛选,其中上调的有76个,下调的miRNA有92个;2)对差异mRNA进行GO、Pathway富集分析;3)对筛选出的4个有显著差异的circRNA进行RT-qPCR验证,结果表明肺结核组中hsacirc0008276、hsacirc0003452的表达下调(P<0.05)与芯片结果一致;4)将结果与差异circRNA的靶miRNA结合,选取hsacirc0008276及其靶基因hsa-miR-574-5p进一步对其交集靶基因进行生物信息学分析。结论:1)利用全转录组芯片筛选出了肺结核组与健康对照组的差异circRNA,为肺结核病的发展提供思路;2)hsacirc0003452、hsacirc0008276与结核病有一定的关联,其中hsacirc0008276在肺结核病的全血样本中的表达量显著降低,ROC曲线下面积为0.7296,说明其与结核是否感染有关;3)hascirc0008276可能通过与靶基因has-miR-574-5p竞争结合从而调控其靶mRNA,在肺结核的发生发展中起到一定的作用。
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