城市商业银行和农村商业银行是服务于我国当前经济部署的重要金融机构,为更好地发挥两者对于小微企业和“三农”的支持作用,必须注重提高其运营效率,因此对两类银行的效率进行准确评价并指出改进方向具有重要意义。城商行和农商行均由信用社改制而来,在市场定位、业务发展和面临的问题等方面具有相似性,因此将两者同时纳入研究样本,进行运营效率的比较是合理的。本文基于2016年资产规模排名,分别选取我国50家城商行和50家农商行作为研究样本,以2016年的披露数据对两类银行的运营效率进行评价和比较。纵观已有的相关研究,存在以下不足:第一,将国有银行、大型股份制银行、城商行和农商行共同作为样本的研究较多,但后两类银行与前两类银行的发展差距较大,得到的效率结果不具有代表性。此外,单独研究城商行或农商行的研究也很多,相对来说,两类银行的比较研究较少;第二,部分研究在选取评价指标时忽略了风险因素,或者对于相关指标的理解和处理略显草率;第三,很多研究直接采用传统的DEA模型进行效率计算,未能从银行自身和指标的特点出发。鉴于上述研究不足,根据模型处理方法、指标处理方法以及对于指标性质理解的不同,本文构建了三组效率评价指标体系和两组DEA评价模型。在此基础上,分别从方向向量的取值、非期望产出指标的处理以及反映风险控制能力指标的性质三方面设计了三个比较组,根据效率计算结果选出最佳的指标体系和评价模型。经过比较,本文验证发现,在包含非期望产出的DEA模型下:第一,若在模型中采用方向测度函数,方向向量设定为单位向量会使得测算的效率更加合理;第二,若指标体系中包含存在伴生关系的非期望产出指标和期望产出指标,对非期望产出指标施加弱自由处置的假定会使得测算的效率更加合理;第三,反映风险控制能力的关键指标,如资本充足率和拨备覆盖率,作为投入引入指标体系会使得测算的效率更加合理。根据比较后确定的模型及相应的运营效率结果,本文发现:第一,我国城商行与农商行之间的效率差距已经缩小,但城商行的两极分化现象更为严重,农商行的效率水平则相对集中;第二,半数高运营效率的城商行和农商行集中在我国经济发展情况最好的沿海经济区,但区域内部各家银行的效率水平却分布不均。最后,本文根据效率评价结果,对两类银行如何提高运营效率提出建议。