第二次世界大战后，国际多边贸易体制得到空前发展，WTO法律体系应运而生。而上世纪九十年代以来，区域贸易协定又如雨后春笋般涌现。根据GATT1994第24条的规定，多边贸易体制的成员方也可以成为区域贸易协定的成员，从而拥有双重身份。在WTO和区域贸易协定的争端解决机制并行存在的情况下，一旦成员方采取“挑选法院”的行为，二者的冲突也就随之出现。近年来，WTO与区域贸易协定之间的管辖权冲突不仅已经出现，而且频繁发生。在这种情况下，理顺WTO与区域贸易协定在争端管辖方面的关系不仅对二者的健康发展，也会对全世界经济贸易的稳定发展至关重要。此外，调解二者的冲突也可以有效防止国际法的“碎片化”现象，从而推动整个国际法体系更加稳定和一致。在写作思路上，本文从美墨之间的软饮料争端入手，引入WTO对管辖权冲突问题的探讨，从而展现WTO与区域贸易协定产生管辖权冲突的原因并提出调解二者冲突的建议。具体来说，本文分为五个部分。第一部分主要介绍WTO争端管辖权冲突第一案——“墨西哥软饮料”案，并介绍WTO专家组及上诉机构对这一问题的基本态度。第二部分介绍WTO争端解决机制的发展及特点。分析WTO强制性管辖权以及WTO关于其与区域贸易协定关系的相关条款对管辖权冲突造成的影响。第三部分以欧盟、北美自由贸易区、中国加入的自由贸易协定以及欧共体与智利之间的自由贸易协定为例，介绍不同的区域贸易协定在防止管辖权冲突方面所做的努力。第四部分则在前两部分的基础上对管辖权冲突造成的原因进行分析。而最后一部分则试图提出解决二者管辖权冲突的可能路径，包括利用一般国际法原则对WTO管辖权规则进行解释，区分“管辖权”与“可受理性”以及对WTO和区域贸易协定的管辖权条款进行修改。