随着国家的发展，高等教育越来越引起国家和高校利益相关者的重视。因此高校财务管理及日常运营的重要性也日益凸显，合理的高校财务绩效评价就尤其重要。高校财务绩效评价可以对高校的财务状况进行合理的反映，而进行高校财务绩效评价的基础就是有一套合理的财务绩效评价指标体系。本文研究的主要内容就是高校财务评价指标体系的建立。在指标体系建立之前，本文通过文献研究法，对高校现行财务绩效评价指标体系的现状进行了研究，得出目前指标体系存在的问题，并针对这些问题，根据财务绩效评价指标体系的原则建立合理的高校财务绩效评价指标体系。在建立财务绩效评价指标体系时用到的方法是层次分析法，进而建立层次结构模型和判断矩阵，相应的得出财务绩效评价指标体系的权重，并得出财务绩效评价得分。最后在实证部分，选取浙江、河南和贵州省2010-2012年的数据对该三省份的高校进行评价，进而得出浙江、河南和贵州省高校的平均绩效得分。通过对该三省份的高校财务绩效评价，可以反映出中国东部、中部和西部地区之间教育水平的差异。该财务绩效评价可以对我国对高校教育资源的合理分配和资源的有效利用提供量化的参考依据。