商业方法专利作为一种新型专利,在商业流通领域和国家战略层面都具有重要价值,但由于制度规定的不完善,其在法律保护方面受到诸多阻碍。本文从商业方法内涵的演变入手,论述最适宜商业方法的保护方式为专利保护,对我国商业方法专利保护历程深入分析研究,并以此为基础完善适应我国现阶段的商业方法专利保护制度。持续扩张的技术内涵、知识产权保护异质性与现有《专利审查指南》的缺陷是影响商业方法专利保护效率的三大困境。在完善制度时,需要谨遵侧重政策和法律的妥洽应用、一般与特殊协调发展、始终坚持平衡多方利益这三大理念。在具体制度设计方面,应做到尊重技术发展的自然规律,合理应对知识产权保护异质性影响,理性借鉴域外先进法律制度,灵活采取多种配套政策。由于我国现行《专利法》对于商业方法专利没有做出直接的规定,2019年修订的《专利审查指南》是目前我国所有法律法规中涉及商业方法专利最具体的文件,因此应当以完善该版指南的缺陷作为制度设计的核心。审查商业方法专利应遵从整体审查原则,并严格区分客体适格性审查和实质性审查环节,明确客体适格性审查和实质性审查的要件,同时关注商业方法专利审查期限和保护期限,并用专利菁英培育机制、临时审查体系、示例参考制度、商业方法专利专门数据库等举措加以辅助。