在激烈的现代农业市场竞争中,小规模农户的生存经营问题始终困扰着我国的农业发展,经过不断地探索后,农民合作经济组织应势而生,承担起重要责任。农民专业合作社在无数次的实践中证明其作为一种新型农业主体,具备独特的优势,可以有效地提高农民的组织化程度,实现规模经济。近年来,越来越多的农民专业合作社希望通过自身的战略定位与创新的农村管理在市场经济的洪流中站稳脚跟。但是,随着合作社注册数量的增加以及过快的增长速度,其存在的问题也更多地暴露出来,发展滞后、规模较小、盈利能力弱、内部制度不完善,在竞争中不能够及时发现问题、防范风险最终导致被淘汰,其应有的社会、经济效益也还未完全发挥出来。因此,内部控制作为任何一种经济组织管理中不可或缺的部分,建立和完善合作社的内部控制就显得异常重要。当农民专业合作社内部控制处于失效状态时,这部分合作社与没有建立内部控制制度的合作社并无区别,所以对该制度进行评价研究,探索内部控制与农民专业合作社发展之间的必然相关性就显得十分重要。农民专业合作社的内部控制是指合作社通过实践一系列的规章制度和行为条例,对各部门业务中可能遇到的风险进行识别、计量和评估,实现经营理念及目标的管理程序与方法,实际上可以看作一个动态系统,在经营运行过程中需要不断调整改善,使内部控制的措施与合作社的阶段性目标相匹配。评价内部控制系统就是帮助内部控制要素与期望目标互相匹配的手段,在系统评价的结果中可以分析农民专业合作社内部控制是否有效,存在哪些问题等,帮助合作社完成预期的战略目标,增强合作社内部信息的对称性,帮助外部信息使用者也能够及时了解合作社的现行状态并做出合理判断。本文基于G省189个农民专业合作社的调查数据及财务报表数据对合作社基本情况进行分析,研究目前合作社内部控制的运行状态及存在的问题;采用层次分析法与模糊综合评价法构建包含过程与结果两部分的综合评价模型,对样本农民专业合作社的内部控制进行综合评价打分,比较G省各地区合作社的整体内部控制程度以及内部控制各要素的有效性水平,探索优化合作社内部控制的相关策略。结果发现:(1)农民专业合作社的发展需求普遍已从数量增加转变为质量提升,但现有内部控制的不完善已经无法支撑其进一步的发展,导致合作社的市场竞争力不足。(2)G省农民专业合作社内部控制综合评分为70分,整体处于基本有效水平,在控制环境、信息与沟通、合作社盈利能力和经营增长等方面运行较好,但是在风险评估、内部监督、资产质量等环节仍存在不足,需要进行调整。(3)不同地区合作社的内部控制评分以及其中的各项要素指标评分有差异:LZ地区合作社的内部控制评分较高,其次是HX地区,最后是PQ地区和TS地区,经济发展水平越高的地区,政策扶持力度大,合作社内部控制的评分越高,经济发展落后地区合作社的内部控制评分较差;G省各地区合作社普遍在风险评估、内部监督和社会责任要素方面存在不足,需要引起全体社员尤其是管理层的重视。(4)评价分析G省农民专业合作社的内部控制时,发现合作社对于内部控制的建立因素普遍有所缺失,忽略了信息系统建设、运用现代科学技术手段、社员的认同感、内部控制自我评价的影响,在内部控制的建立和调整上存在诸多问题。根据上述研究,虽然G省农民专业合作社的数量逐步增加,但从内部控制的评价结果来看,该省合作社在完善内部控制方面还有很长的路要走。因此,本文提出要完善落实政府优惠政策,创造良好的外部环境;建立完整的合作社内部控制制度;健全合作社内部治理与监督机制;培育合作社的专业人才队伍,提升信息沟通的效率;重视合作社内部控制评价体系的建立与落实,周期性对合作社内部控制的运行要素进行调整,积极发挥内控的管理作用,从而保障农民专业合作社在带动农户、发展集体经济与创新管理的积极作用。