随着全球经济一体化进程的加快和运输技术的不断进步,现代港口特别是大型枢纽港在整个国际经济活动中的地位越来越突出,作用亦越来越重要。大型枢纽港是在经济发展和区域物流组织分工中发展起来的,往往具有区位、自然条件等方面的优势,并以其强大的服务功能,对于区域经济发展以及全球经济具有直接影响力和推动力。大型综合性的枢纽港口面对市场竞争的激烈化,减少资本投入、响应建设节约型社会的号召,提高港口物流运营系统的运营能力来提高港口资源利用率、增进港口竞争力成为一个行之有效的办法。另一方面,随着港口改革的深入,政企分开、自主经营使得港口作为企业法人需要提高自身的运营能力,来维护自己的市场地位。因此,对枢纽港港口物流运营系统进行评价研究,找出影响枢纽港港口竞争力的关键因素成为港口发展的关键问题。本文首先在前人研究的基础上对港口物流系统的构成进行分析,确定了港口物流运营系统在其中所扮演的角色；接着探讨采用运营管理的思想对港口物流运营系统进行了尝试性的界定；然后构建了基于成本、质量、柔性的港口物流运营系统,并对各个子系统的影响因素和相互依赖关系进行分析,选取了相对重要的评价指标,建立了港口物流运营系统评价指标体系,并运用粗糙集理论进行定量研究。最后,选取了六个具有代表性的枢纽港口进行实证研究,得出影响样本港口物流运营系统运营能力的关键指标和排名,并对评价结果进行了分析。本文采用了运营管理的思想、系统工程理论、粗糙集理论、定性与定量相结合、实证分析的方法,对枢纽港港口物流运营系统的运营能力进行了评价研究,得到船舶平均在港停时、生产流程模块化程度、生产自动化监控技术是影响港口物流运营系统的关键因素,并针对这三个指标提出相应的提高港口物流运营系统运营能力的建议。