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荧光标记DNA片段包括荧光标记寡核苷酸探针和荧光标记长片段双涟DNA,在许多前沿生物化学检测分析技术中都具有举足轻重的作用,高新技术和广泛领域的应用对荧光标记DNA片段及其标准提出了更高的要求,如何研制高品质、满足计量需求的荧光标记DNA片段标准成为关注的重点。其中分离纯化制备、定性定量分析等关键研制技术研究是需要突破的方向。本研究建立的反相离子对色谱法及液质联用分析方法适用于高纯度荧光标记DNA片段标准的分离纯化制备、准确定性定量分析,为该标准的定值研究提供了方法基础。本研究通过考察并优化色谱和质谱条件,建立荧光标记DNA片段的反相离子对高效液相色谱法以及液质联用分析方法。离子对试剂醋酸三乙胺浓度为0.01mol/L,pH=7的条件下,不同长度荧光标记寡核苷酸的分离度最佳。该条件适用于荧光标记寡核苷酸的液相质谱联用定性定量分析,避免了钠、钾离子的干扰。该分离条件转移至制备液相可进行荧光标记寡核苷酸的纯化与制备。荧光标记长片段双链DNA的分离纯化条件为更高浓度醋酸三乙胺(0.05-0.10 mol/L)。本研究还对荧光标记寡核苷酸在反相离子对色谱中的保留机理进行分析,与非标记寡核苷酸的保留进行对比,阐述了不同长度荧光标记寡核苷酸与非标记寡核苷酸保留时间相反的原因。本研究建立的方法不仅可用于荧光标记DNA片段的纯化制备,分离定性定量分析,而且可以广泛应用于其他核酸生物技术研究领域。采用本研究建立的分离纯化方法制取的荧光标记DNA片段满足了荧光特性分析对高纯度的要求。通过初步研究荧光标记DNA片段的荧光特性,分析荧光激发光谱、发射光谱和荧光量子产率等参数,结果表明标记不同长度寡核苷酸会对荧光染料的荧光特性造成影响,在定性定量分析时应避免以长度不一致的荧光标记寡核苷酸作为分析用标准或参比。本研究为荧光标记类生物相关标准物质的研发提供了研究思路及技术,初步的研究结果也为准确的荧光定量分析方法研究提供了技术支持。