结合多相分类研究、统计学研究和全基因组研究的海洋细菌过氧化氢酶资源开发

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广阔的海洋具有特殊的地理位置并且蕴含着丰富的微生物资源,在地球生物化学中扮演着重要的角色。海洋环境的特殊性和多样性直接造就了海洋微生物种类的多样性,特别在诸如抗逆性(耐盐、耐高压、耐寒等),生物降解特性(对石油等有机污染物的降解和重金属离子的吸附)和其他优良的生物特性(降解藻类,杀菌等)有着极大的意义。本论文针对微生物的抗氧化压力能力和过氧化氢酶酶活力特性,对西太平洋一个站点的不同深度海水和海鱼养殖场废水的可培微生物过氧化氢酶酶活力进行了比较,采用酶活力较高的废水样品,进行了针对性的过氧化氢酶高产菌的定向筛选,并对目标菌株进行了发酵培养工艺优化。同时,对目标菌株进行全基因组测序和针对性分析。另外,针对其它两株产过氧化氢酶疑似新种进行了多相分类学研究。  首先,采集了西太平洋一个特定站位不同深度的海水和舟山某海鱼养殖场的废水,对其进行了可培细菌的过氧化氢酶酶活力统计,并结合此位点不同深度的溶氧值进行了分析。通过结果分析可知,可培细菌的过氧化氢酶酶活力分布与环境溶氧值分布相似,环境的溶氧值确实与细菌的过氧化氢酶有着正相关关系。同时根据此分析结果确定了过氧化氢酶高产菌筛选的目标样品  其次,对之前分离得到的产过氧化氢酶菌株CMB17和PSR进行了多相分类学研究,并分别以Paracoccus sediminis CMB17T和Roseivirga vulgaris PSRT为标准菌株确立了新种,丰富了我国的种质资源,并加深了对西太平洋细菌群落的认识。  再次,针对目标样品,利用逐步定向筛选的方法,进行了过氧化氢酶高产茵的筛选。在筛选得到的9株细菌中,经过进一步选择得到目标菌株Halomonas sp.N6,此菌株能够在160mM的初始过氧化氢浓度培养基中生长,并表现出较高的酶活力。接着,针对目标菌株,结合统计学方法(PBD、BBD)进行了基于培养基和发酵工艺的优化研究,优化之后,其粗酶液酶活力提高了81倍,达到了75522.08 U/mL,达到了国际先进水平。同时此菌株产过氧化氢酶最适pH为11,并且具有较好耐热性,非常符合纺织、造纸等产业的用酶需求,具有极大的应用价值。  最后,为了对菌株Halomonas sp.N6进行深入研究,对此株细菌进行了全基因组测序和研究。其基因组精细图由30个scanfolds组成。对其基因组进行注释和分析后,结果表明,菌株Halomonas sp.N6含有三种过氧化氢酶的基因,并且有很完善的抗高氧化压力的应激和修复机制,这为其能耐受如此高浓度的过氧化氢提供了依据。另外,在与分类地位临近的菌株Halomonaszhejiangensis的全基因组分析结果比较中发现一个光敏蛋白类似基因,这可能是Halomonas sp.N6过氧化氢酶基因如此高表达的关键,这其中的过程仍需要更深入研究。
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