葡萄酒的发酵是由酵母和乳酸菌共同完成的复杂过程。苹果酸-乳酸发酵（Malolacticfermentation，MLF）是在酒精发酵之后由乳酸菌启动执行的。在MLF过程中，葡萄酒中的L-苹果酸经过去羧基反应被转化为L-乳酸和CO2，从而将葡萄酒的酸度降低，增强葡萄酒的感官特性和微生物稳定性等从而提升了葡萄酒的品质。但本土优良的发酵剂也较为缺乏，所以筛选优良的酿造菌株是非常必要的。本实验从国内各大产区自然启动MLF的葡萄酒中分离乳酸菌，鉴定其属种，并采用单酶切扩增片段长度多态性（SE-AFLP）进行种内基因多样性分析，同时利用RAPD技术验证乳酸菌酸耐受基因。1、从四个产区11个酒样中共分离到近200个菌株，将其中90个菌株进行生化鉴定和16SrRNA测序，最终结果有11株酒酒球菌，10株短乳杆菌，9株马里乳杆菌，23株肠膜明串珠菌，10株小片球菌，27株植物乳杆菌。2、利用SE-AFLP法将8株酒酒球菌，9株短乳杆菌，9株马里乳杆菌，17株植物乳杆菌分别进行种内遗传多样性分析，结果表明各个种的乳酸菌的引物A扩增结果多态性最佳，且能够达到菌株水平的区分，因此该法可以作为乳酸菌菌株基因多样性鉴定的方法。3、在新分离的菌株中利用RAPD验证酸耐受基因验证试验：根据分子试验结果在酒酒球菌中找到8株菌含有1400bp抗性条带，其中me3a还有650bp抗性条带，3株含有2500bp敏感性基因条带；经过生化试验验证表明抗性菌株酸耐受性略高于酸敏感性菌株，且me3a的耐受性较其他几株菌高，符合酸耐受基因分类；在乳杆菌中分子鉴定结果与生化试验结果相关性较小，所以，在乳杆菌中酸耐受基因还需要重新筛选。