自2003年开始，数据包络分析（DEA）被国内学者普遍应用于评价中国高等教育的有效性。但其评价结果差异巨大，乱象纷呈。基于DEA评价原则与应用条件，对国内16篇关于高校有效性评价的论文进行初步分析，可以发现，其表层原因在于：（1）不少论文违背了DEA评价所要求的决策评价单元可比性原则；笼统将不同类别高校、不同地域的高校一并放在一起进行比较。这样比较的结果不能给高等教育的良好发展提供科学的指导性意见，而且将不同类别高校（如师范类和理工类）放在一起，评价的结果未免差强人意，容易惹来反对意见。（2）投入产出评价指标体系设计歧义、混乱甚至投入与产出误设置；一些文献未对指标相互包含性进行分析。（3）指标数量过多，不符合指标数与被评价决策单元数量间的规范要求。（4）文献研究内容与主题不一致，内容前后不一致，言语不通，逻辑有误，甚至出现低级的文献引用错误。有的文献的改进措施并没有针对文献中的分析，让学者难以信服。另一个相对深层的原因是这些论文研究几乎是独立的，后继研究很少学习、甚至不参考前期相关研究，谈不上继承与改进，很难有实质的学术进步与发展。这一点可以从学者们的选取的指标各不相同体现出来。因此，缺乏学术研究继承性和改进，很难在DEA有效性评价方面有所改进。严格按照DEA方法应用条件和原则，选取中国20所985综合类高校作为决策单元，确定以充分代表中国高等教育投入的“人、财、物”的教学人员、科技经费和图书馆藏书作为投入指标，确定以最能证明中国高等教育产出的国外及全国性刊物发表论文作为产出指标，进行实证分析。针对国内20所985综合类高校有效性的实证分析的结果为：上海交通大学、南京大学、中国人民大学、厦门大学等4所高校为DEA有效，处于规模收益不变的阶段；北京大学、复旦大学等其余16所高校为DEA无效，或者处于规模收益递增阶段，或者处于规模收益递减阶段。论文的创新和特色主要是：第一，为中国高等教育未来良好的发展提供科学、有效、具有价值性的评价思路。第二，有利于摆脱评价中国高等教育有效性DEA评价存在巨大差异以及评价结果混乱不堪的局面。第三，有利于为今后学者研究中国高等教育有效性构建出更加科学、合理、有效的指标体系。第四，本文能够深化今后基于DEA去评价中国高等教育有效性中决策单元与指标体系数量之间的关系，指引学者在今后的研究中更能准确的把握好基于DEA来评价中国高等教育有效性的正确性。第五，从实证角度举例分析，提供直观的评价思路与过程。