随着社会经济的飞速发展,中国的环境污染问题日益严重,其中水污染状况已达到警戒线,七大水系三大湖泊等主要水域均已经遭受不同程度的污染。二十世纪90年代中期以后,七大水系中水质状况最好的珠江流域水质持续下降,跨界水污染事件频发,跨界水污染纠纷事件不断,并呈现出向恶性循环转化的状态。2004年泛珠三角区域环保合作联席会议第一次会议召开,拉开了泛珠三角区域跨界水污染治理政府合作的序幕。2005年泛珠三角区域9省2特区在北京共同签署了“泛珠三角区域环境保护协议”,泛珠三角区域跨界水污染治理政府合作力度同步加强。5年以来,泛珠三角区域跨界水污染事件日益减少,水质状况逐步改善,政府合作治理的成效有所呈现。本文在分析国内外研究现状和研究相关理论的基础上,对跨界水污染及其治理和地方政府合作治理的定义进行界定。借助公共管理理论、制度变迁理论、交易成本理论等对跨界水污染模式进行分析,归纳总结了区域单一行为模式、流域集中管理模式等6种跨界水污染治理模式。阐述了各类模式的特点并分析了它们在我国跨界水污染治理中的适应性,分析了在现行政治体制、法治状况、经济环境中地方合作政府模式对于我国跨界水污染治理的适应力。实证分析泛珠区域跨界水污染现状,指出地区经济发展的不平衡,多元利益主体的存在,粗放经济增长方式,体制制约等是泛珠三角跨界水污染问题存在的主要原因,反映出跨界水污染治理实施地方政府合作的必要性。地方政府合作治理跨界污染已在泛珠三角区域取得一定成效,但要推动其真正转向政府合作模式,还需要克服不少问题,如利益协调和补偿机制不完善,合作机制缺乏权威性和稳定性,合作的动力激励和监督约束不足,维护合作的法律规制欠缺,政府合作的诱导性有待加强等。要有效解决泛珠三角区域跨界水污染合作治理中政府合作存在的问题,提高政府合作模式对于跨界水污染治理的效益,必然要从多方面不断健全地方政府合作机制。其包括资金共筹机制,生态补偿机制,交流协调机制,公众参与机制,监督约束机制,市场运作机制,跨界纠纷处理机制,法律法规等方面。