随着养殖业的发展，畜禽粪便的妥善处理已成为规模化养殖场面临的一个重要难题，实践表明，传统的农牧结合的处理方式是一种经济有效的处理模式。本文针对农田处理畜禽粪便的量与二次污染问题，分析了农田处理畜禽粪便对土壤氮磷的残留量的影响，植株对农田处理大量畜禽粪便的反应以及对水稻田水中氮磷浓度的影响，最后综合比较土壤残留量、植株吸收量、水中溶解量等各个指标，估算总氮总磷的缺失量，分析得出合适的处理量，以及过量后二次污染问题风险分析。通过本实验的研究，得出了以下结论：1狼尾草处理畜禽粪便对狼尾草的生长没有危害，但是处理量的大小与狼尾草生物量的大小呈正相关。大田水稻处理畜禽粪便时各处理量对大田水稻的生长没有危害。盆栽水稻处理猪粪时植株的生长正常，盆栽水稻处理牛粪时处理量为150，000 kg／ha时水稻植株开始出现枯死的情况，当处理量增加到300，000kg／ha时，枯死的植株数多于处理量为150，000kg／ha的水平。2狼尾草处理畜禽粪便，氮的缺失率随着实验水平的升高而升高，结果表明，狼尾草处理畜禽粪便猪粪处理量必须控制在120，000kg／ha水平，牛粪处理量必须控制在150，000kg／ha以下，猪粪处理合适的处理量应控制在30，000kg／ha左右，牛粪处理合适的处理量为37，500 kg／ha左右。水稻处理猪粪最好控制在30，000 kg／ha左右，水稻田处理牛粪，最好控制在37，500 kg／ha左右。农田处理牛粪时，作物对氮磷的吸收量大于猪粪处理下植株对氮磷的吸收量，说明，作物处理牛粪时二者会发生互作效应，促进氮磷的吸收。3大田水稻处理畜禽粪便能够增加土壤中氮磷的含量，在处理量相同的情况下，沙土的氮磷缺失率大于粘土，狼尾草处理时，粘土的磷素缺失率大于沙土。其中不同土壤处理下狼尾草处理的磷素和氮素缺失率大于水稻处理的磷素和氮素的缺失率。4农田处理畜禽粪便土壤的氮磷含量的变化只限于耕层(20cm)，31-50cm土层的氮磷含量基本不变，本实验是当季实验，这个结论还有待后续实验验证。盆栽水稻水中氮素的浓度大于大田水稻水中氮的浓度。盆栽水稻处理猪粪和牛粪从第3水平开始，水中氮的浓度明显高于水体富营养化临界浓度(0.3mg／L)，大田水稻水中的氮浓度在氮浓度最高的水平开始接近这个临界值。从浓度看，盆栽水稻水中的磷素含量基本都超过了水体富营养化的磷浓度的临界值(0.02mg／L)，大田水稻水中磷的浓度从第3水平开始达到这个临界值。与大田水稻水中氮素相比，说明大田水稻水中的磷素更容易引起水体的二次污染。从缺失量看，较高实验水平的氮素的缺失率和磷的缺失率一般在30％以上，说明氮磷的流失可能性很大。作物处理猪粪时磷的缺失率大于牛粪，说明处理猪粪时磷更容易流失。作物处理牛粪时氮的缺失率大于猪粪，说明作物处理牛粪时氮比较容易流失。