随着国内内部控制的快速发展,行政事业单位内部控制受重视程度也不断提升,我国全国范围内行政事业单位内部控制建设的大力推动蔚然成风。研究型事业单位作为事业单位中不可或缺的组成部分,有力地影响着我国的科技创新与经济发展。国家十分重视科研型事业单位的科研能力及运营水平,频频发生科研经费浪费以及腐败等问题,国家科研经费投入比例的增加与研究型事业单位发展缓慢的内部控制建设之间的矛盾日益凸显。此时,建立健全内部控制对于研究型事业单位就显得重要而迫切。本文以研究型事业单位内部控制优化为目的,运用文献分析法和案例研究法,以新公共管理理论、公共受托责任为理论基础,以Y研究所内部控制为研究对象,旨在为研究型事业单位内部控制提出有针对性的优化对策。本文通过访谈、问卷调查以及查阅资料的方式对Y研究所内部控制现状进行了解,分析出Y研究所在其内部控制单位层面存在内部控制观念不足,相关职员培训和学习缺乏、内控关键部门职责落实不到位,内部控制工作根基不牢、各部门缺少沟通协调和联动机制,信息化水平低、内控监督评价机制不健全等问题;在其内部控制业务层面存在着预算编制不受重视,业务部门参与度低、预算执行随意无序、缺乏预算调整相关制度、决算及预算分析流于形式;收入归口管理不规范、支出审批不严格;政府采购没有采用恰当的招标方式,采购验收不规范,未建立适当的退、换货制度;项目建设书审议不严,建设分工不明确,项目建设组选取不专业;合同范本不足,合同对象主体资格审查不充分,未建立合同纠纷处理的有效机制;科研规划的制定脱离实际、流于形式,缺乏真实、有效的结题验收评审等问题。在分析问题的基础上提出有针对性的优化建议。在单位层面内部控制上,应当增强内部控制观念,增加培训并组织培训靠、明确内部控制关键部门职责、充分使用内控信息系统,改进沟通机制、完善监督评价机制;在业务层面内部控制上,应当重视预算,编制提高业务部门参与度、严格执行预算并加强预算分析;收入规范归口管理,严格执行支出审批制度;政府采购招标方式选取规范化,加强采购验收并建立退、换货制度;项目建设明确分工职责,严格审议项目建设书并选取专业项目建设组;根据不同业务制定不同合同范本,充分审查合同对象主体资格并建立有效的合同纠纷处理机制;科研规划制定落到实处并严格遵照执行,建立有效的结题验收评审机制。