卫生部等部门于2003年1月10日出台的《关于建立新型农村合作医疗制度的意见》指出“要明确建立新型农村合作医疗制度”，由此揭开了农村医疗卫生事业发展的新篇章。所谓新型农村合作医疗制度（以下除政策文件外，均简称“新农合制度”）是由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方参与筹资，以大病统筹为主的农村医疗互助共济制度。作为一项民生工程，新型农村合作医疗制度是农村医疗保障的重要组成部分，直接关系到中国几亿农民的健康和利益，对于统筹城乡发展、全面建设小康社会以及构建社会主义和谐社会具有重要的意义。在新医改方案的背景下，研究新型农村合作医疗制度对加强农村医疗卫生体系建设、促进卫生综合改革和全面推进社会主义新农村建设，具有重要的现实意义和深远的历史意义。本研究围绕新医改背景下新型农村合作医疗制度这一议题，运用实地调研等多种手段和方法，总结上海市松江区新型农村合作医疗制度的现状、问题及对策。具体从以下几个方面展开研究：第一，新型农村合作医疗制度分析。梳理了全国有关农村合作医疗制度的政策文件，了解农村合作医疗制度的发展历程，揭示新型农村合作医疗制度的基本属性、制度框架及基本特征，为完善松江区的新型农村合作医疗制度提供理论依据与支撑。第二，新医改方案与新型农村合作医疗制度的构建。通过对2009年新医改方案的剖析，梳理出新医改方案与新型农村合作医疗制度的关系，即新医改方案是对新型农村合作医疗制度框架的完善和调整，充分厘清二者之间的逻辑关系，为下文的研究与完善提供前提条件。第三，松江区新型农村合作医疗制度的实证分析。通过政策资料整理和社会实地调研的方法，对上海市松江区新型农村合作医疗制度的实施现状作描述性统计和分析，并进行实证调研的总结。第四，松江区新型农村合作医疗制度的实施效应分析。借助于模糊综合评价法和层次分析法等定量分析方法，采用专家打分和意见反馈，对松江区新型农村合作医疗制度的运行效果进行综合评价，总结出松江区新型农村合作医疗制度的经验做法，发现存在的问题并进行深入原因分析。第五，新型农村合作医疗制度的优化分析。依据新型农村合作医疗制度的优化原则与总体思路，在充分考虑2011年上海市新医改方案相关要求的基础上，以优化合作医疗制度的筹资和补偿水平为重点，构建松江区合作医疗制度的适度筹资和补偿标准，并进行理论与实践验证。最后，完善新型农村合作医疗制度的思考。结合上海市经济与社会发展的实际情况，针对新型农村合作医疗制度目前及未来可能面临的问题，提出完善新型农村合作医疗制度的相关对策建议。