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植物内生真菌是自然生态系统中植物根系微生物群落的重要组成部分,在促进植物营养吸收、生长发育、增强植物先天免疫和抵抗环境胁迫等方面发挥着重要作用。挖掘有益内生真菌资源,探索其在促进生长和免疫诱抗方面的功能,具有重要的科学意义。本研究通过微生物组学分析比较了疣粒野生稻、药用野生稻和普通野生稻之间的内生真菌生物多样性差异。并对野生稻根部内生真菌进行分离、纯化和鉴定,明确内生真菌分类地位及生物学功能,重点分析了巨座壳科内生真菌的生物学功能。主要研究结果如下:1)对药用野生稻、疣粒野生稻和普通野生稻根部微生物组进行了分析比较,发现野生稻根部存在大量未知的内生真菌。经α多样性分析发现药用野生稻（Oryza officinalis）的内生真菌丰富度、多样性和均一度均处于较高水平;普通野生稻（Oryza rufipogon）的内生真菌丰富度不高,但多样性和均一度与药用野生稻一致;疣粒野生稻（Oryza granulate）中的内生真菌丰富度均处于中等水平。但采自云南省西双版纳自治州景洪市嘎洒镇橡胶林A地和竹林B地的疣粒野生稻内生真菌群落多样性和均一度具有较大的差异。通过β多样性分析,发现野生稻的生存地和基因型是导致野生稻根部内生真菌群落结构差异的主要因素。通过内生真菌丰度图发现野生稻不同样品中内生真菌优势种群各不相同。经随机森林分类模型分析,透孢黑团壳属（Massarina sp.）、顶囊壳属（Gaeumannomyces sp.）和柄孢壳属（Podospora sp.）内生真菌具有较高丰度且为样品间差异的主要标志菌株。2)对野生稻根部内生真菌进行分离纯化,得到225株内生真菌。通过对ITS区域测序比对,发现这些内生真菌分属于4门6纲16目25科28属,其中间座壳菌目（Diaporthales,82株）、格孢腔目（Pleosporales,38株）、肉座菌目（Hypocreales,26株）、巨座壳目（Magnaporthales,24株）、小丛壳目（Glomerellales,21株）为优势类群。3)将51株不同属的菌株与水稻共培养,发现:A2-3-1（Xepicula sp.）、A1-H-20（Leaf litter ascomycete）、A12-1-6（Crinipellis sp.）、A1-H-5（Xylariales）显著增加水稻叶绿素含量;A1-H-6（Fusidium sp.）、B7-1-5（Colletotrichum sp.）、A3-3-9（Colletotrichum sp.）、A1-H-5（Xylariales）显著促进水稻生长。其中,A1-H-5既显著提高水稻叶绿素含量又促进水稻生长。此外,A1-H-8（Colletotrichum sp.）、A1-HC1-5（Colletotrichum sp.）、A1-H-6（Colletotrichum sp.）、A10-2-1（Dictyochaeta sp.）、A2-3-1（Xepicula sp.）、A1-H-80（Phialemoniopsis sp.）、A8-2-4（Didymella sp.）、A5-3-1（Purpureocillium sp.）、A1-H-20（Leaf litter ascomycete）和B6-1-3（Phytopythium sp.）可以显著增强水稻对稻瘟病的抗性。4)对巨座壳科7株内生真菌进行ITS-SSU-LSU-RPB1-TEF1-MCM7六基因联合系统发育分析,发现内生真菌M-B922、M-A93、M-B911、M-B927、M-B929和M-A92为Magnaporthiopsis属,P-B313为Pseudophialophora属。结合形态学分析,发现M-B922、M-A93、M-B911、M-B927、M-B929和M-A92为已知种壳状巨座壳菌Magnaporthiopsis incrustans,P-B313为新种并将其命名为稻假瓶霉（Pseudophialophora oryzae sp.nov）。将7株巨座壳科内生真菌接种到水稻根部,观察和检测内生真菌在水稻根部的定殖模式,发现稻假瓶霉P-B313能侵入水稻内皮层但不侵入水稻的中柱细胞,并且7株内生真菌在水稻根部定殖量呈持续增加模式,且不会影响栽培稻的生长。5)在无菌和盆栽条件下分别将巨座壳科7株内生真菌与水稻进行共培养试验,结果表明:内生真菌M-B922、M-A93、M-B911、M-B927、M-B929、M-A92和P-B313均可以显著增加水稻叶绿素含量、促进水稻根、茎生长,增加水稻生物量。并且P-B313可以诱导硝酸盐转运蛋白Os PTR9和钾转运蛋白Os HAK16表达上调7.28±0.84倍和2.57±0.80倍,促进水稻对氮、钾元素的吸收。6)对7株巨座壳科菌株对水稻稻瘟病的免疫诱抗能力进行了测定,发现内生真菌M-B922、M-A93、M-B911、M-B927、M-B929、M-A92和P-B313定殖于水稻根部后,均能显著提高水稻的抗病性,降低稻瘟病病斑率。以P-B313为代表,初步分析免疫诱抗机制,发现P-B313能显著促进水稻防御反应相关基因NAC、Os SAUR2、Os WRKY71、EL5和PR1α上调表达。除此之外,将内生真菌与稻瘟病菌的对峙培养发现内生真菌对稻瘟病菌没有拮抗作用。7)由于巨座壳科菌株能促进水稻对营养元素的吸收,所以对其进行营养敏感度测定。将巨座壳科菌株接种在缺失氮源或碳源的培养基上,测定菌株对营养缺失的敏感性。在缺碳条件下,内生真菌M-B922、M-A93、M-B911、M-B927、M-B929、M-A92与对照组均无显著性差异;P-B313内生真菌直径显著高于对照组。在缺氮条件下,生长在MM-Na NO3培养基的M-A93、M-B911、M-B927和M-A92和生长在MM-（NH4）2SO4培养基的M-A93和M-A92菌株直径均显著高于对照组。然而,生长在MM-（NH4）2SO4培养基的P-B313菌株直径显著小于对照组,说明内生真菌对氮源更为敏感。基于此,将内生真菌接种在不同氮源的培养基上,检测内生真菌生长情况,结果表明,生长在含酵母提取物、麦芽提取物、酪蛋白氨基酸和胰蛋白胨培养基上的M-B922、M-A93、M-B927、M-B929、M-A92和生长在含酵母提取物、酪蛋白氨基酸和胰蛋白胨培养基上的M-B911菌落平均直径均显著高于对照组,说明该内生真菌能够高效利用有机氮源。然而,P-B313在不同氮源培养基上的生长情况没有显著差异。8)盐胁迫试验发现,培养在含有0.2 M Na Cl、0.3 M Na Cl和0.3 M KCl的PDA内生真菌菌株直径明显减小,说明巨座壳科内生真菌没有抗盐胁迫的能力。