研究主要通过对动物饲喂固定食物与抗菌药物来建立健康或疾病动物模型，并结合外科手术、微生物培养鉴定、体外药物敏感性试验、病例分析、组织切片与扫描电子显微镜技术等研究方法，对犬肠道正常菌群及抗菌药物相关性菌群失调进行系统的研究。主要研究内容包括对犬肠道正常菌群的构成进行分析;比较动物饲喂营养比例不同的食物所导致的肠道正常菌群差异；引入新型的培养与鉴定方法，探讨抗菌药物相关性菌群失调动物肠道菌的生长与耐药性动态变化规律；观察分析抗菌药物相关性菌群失调所导致的动物临床症状与组织病理学损伤。 通过研究发现，犬肠道中有包括需氧、兼性厌氧、厌氧细菌、真菌在内的45个菌属的约最少164种菌。微生物数量按照肠道由前至后的顺序逐渐增高，十二指肠内容物中微生物数量为10277CFU，空肠内为103.93CFU，回肠内为105CFU，结肠内为109.77CFU，直肠内为1010.22CFU。需氧/兼性厌氧菌构成小肠正常菌群的主体；专性厌氧菌构成大肠正常菌群的主体；真菌仅占肠道正常菌群中的较小部分。高蛋白、高脂肪、多肉类的食物可以导致犬肠道部分正常菌群改变，涉及菌种包括链球菌、葡萄球菌、棒状杆菌、埃希菌、双歧杆菌、拟杆菌、乳杆菌、梭菌、念珠菌、青霉菌、地霉菌、毛霉菌与链格孢霉等，厌氧菌有较明显的增加。相比实验中的商品犬粮而言，常见的家庭自制犬食可能会通过对犬肠道正常菌群的长期影响而不利于犬的健康。 长期使用克林霉素、头孢噻肟钠、恩诺沙星、阿莫西林、庆大霉素、甲硝唑等抗菌药物会导致犬抗菌药物相关性菌群失调的出现，并有导致抗菌药物相关性腹泻的可能。犬肠道菌群会随着药物使用期的延长而出现普遍的耐药性增强。在研究中，犬抗菌药物相关性腹泻的病原菌为产气荚膜梭菌、艰难梭菌、产酸克雷伯菌、金黄色葡萄球菌与白色念珠菌。其症状主要为腹泻、发热、食欲减退、贫血、白细胞增多与低蛋白血症等。抗菌药物相关性菌群失调可以导致犬肠道粘膜的组织病理改变，其特征为粘膜上皮的崩解、坏死、脱落；肠绒毛的水肿、萎缩、断裂；纤维素与粘液的渗出；粘膜充血或出血；假膜的形成；炎性细胞的大量浸润等，不同病原菌引起的抗菌药物相关性腹泻的肠粘膜损伤模式不同。