近年来,妨害传染病防治罪在司法实践中的适用较为频繁。这一罪名从设立到现在经历了从蛰伏到活跃的过程。目前该罪的频繁适用也对本罪提出了更高的要求。通过对这些典型案例的研究可以发现,妨害传染病防治罪因果关系认定中尚存在一些问题。基于本罪因果关系的特殊性,传统的因果关系理论已不能全然应对,所以在本罪因果关系的认定中应当尝试新的因果关系理论。第一章主要是对妨害传染病防治罪的因果关系概述。首先,妨害传染病防治罪的历史可分为三个阶段:罪名未设立阶段、罪名沉寂阶段和罪名活跃阶段。文章根据历史阶段来对该罪及其因果关系进行纵向对比。其次,通过对典型案例的分析可知,间接影响型因果关系的认定面临困境。从现有案例判决书来看,上述情形的判决结果背后的支撑理论有偶然、必然因果关系理论和盖然性说。但是这些因果关系理论也无法解决事实归因的问题。基于以上内容,文章对妨害传染病防治罪中因果关系的特殊性做了总结归纳,得出该因果关系的特殊性在于四个方面:第一,传染病病原体传播导致的结果不确定;第二,因果进程具有时间和空间上的双重不确定性;第三,证明该因果关系的难度较大;第四,该因果关系证明的正确性存疑。第二章主要对前述偶然、必然因果关系和盖然性说在妨害传染病防治罪中适用的缺陷作出论述,并阐述了疫学因果关系在本罪因果关系的证明方面的优势。偶然、必然因果关系说在判断本罪因果关系时存在两个问题。首先,该说因果关系的理解有误。若在妨害传染病防治罪中运用此说,会出现罪过形式认定的错乱。其次,必然因果关系说实际上并没有完全摒弃条件说,所以对于因果关系不明的情况,该说无能为力。盖然性说不适用于妨害传染病防治罪因果关系的认定。原因主要在于两个方面,一是以“盖然性”为根据判断事实不符合刑事诉讼标准,二是盖然性标准的模糊使得该理论的可操作性较差。盖然性是主观推测的产物,所以盖然性的因果关系理论从本质上来说也是一种主观的理论。相应地,根据该理论得出的结论也是一种主观的结论。因此,盖然性不符合刑事诉讼的标准,盖然性的因果关系理论也不适用于妨害传染病防治罪。此外,在妨害传染病防治罪中不存在反证的适用余地。在我国刑事诉讼中,被告人不需要自证其罪,也不需要自证其无罪。因此这种反证不能则承担刑事责任的做法也被认为是不当地扩大了刑事责任的范围。且将公诉机关都证明不了的因果关系交给被告人自证,基本上无法实现。在妨害传染病防治罪中,疫学因果关系的出现适得其所。而疫学因果关系目前面临的主要问题就在于学界对其正当性的认可程度还不够。因此这一问题得到解决便可是疫学因果关系适配于妨害传染病防治罪。疫学因果关系理论的正当性来源可从三个方面即理论层面、现实层面和政策层面进行分述。从理论层面来看,疫学因果关系的本质并非是推定因果关系而是基于大量的统计数字得出的一种规律性法则,具有适用上的普遍性。从现实层面来看,疫学因果关系的引进正是应对风险的一种前瞻之举,符合社会发展的基本要求;在保证科学性的前提之下,保障司法诉讼的效率。从刑事政策角度出发,疫学因果关系理论本身仍是判断因果关系的一种途径,可肯定或否定因果关系,与我国宽严相济的刑事政策同符合契,堪负重任。第三章主要对疫学因果关系在本罪的适用做了阐释,其中应当注意的是否定疫学因果关系适用的情形。在实体法层面,行为因子和物质因子都可成为疫学因果关系中的“因”;具体危险型结果不适用疫学因果关系;因果进程可查明时不适用疫学因果关系。此外,在程序法层面,疫学因果关系的作为证据事实的证明能力可能面临一些否定观点,一是在数据收集的过程中,不可避免地会产生隐案,如何应对这些隐案对结论的影响是一个重要的问题;二是在进行数据分析时,如何解决不同的模型对结论的影响。事实上,由于传染病犯罪的特殊性,隐案出现的概率非常小。关于数学模型问题,在相关性已经确定的情况下,模型的选取与刑法学上可罚性的判断无关。