生物信息学是当今比较重要和前沿的科学发展领域之一，被广泛用于生物研究的各个方面，特别是应用生物信息学的研究方法来研究植物化感作用代谢途径受到了国内外同行的关注。本文通过构建化感作用代谢途径预测系统，应用生物信息学方法对未知序列进行比对，从而实现对该序列功能与代谢途径的预测.主要结果总结如下： 1、应用改进型Smith-waterman动态规划算法为核心构建化感作用代谢途径模拟系统。并选用Java语言作为整个系统的开发环境，配合MySql数据库使之在各个平台上具有移植性与良好的交互性。 2、根据与化感作用密切相关的酚酸类代谢途径以及萜类代谢途径上的数据，通过NCBI上的基因序列号查询并运用站内网页爬行技术搜集其相关的cDNA序列以及氨基酸序列进行初始数据库的建立以及数据的自动录入。 3、运用本文所建立的化感作用代谢途径预测系统来研究植物化感作用方面的可行性与实用性，主要是进行基因序列比对并分析比对的结果。 4、最后结合相关文献提出使序列匹配更为智能化的解决方案，主要包括在空间、时间和蛋白质的三维结构上提出自己的改进设想和今后研究的方向。