【摘 要】
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1.结肠腺癌免疫相关基因预后模型的构建目的:结肠腺癌(COAD)作为结直肠癌的主要病理类型,发病率和死亡率高。在这里,我们构建了免疫相关基因预后指数(IRGPI)来预测COAD患者的预后,该指标可作为筛查接受免疫检查点抑制剂治疗的患者的标准。方法:结合癌症基因组图谱(TCGA)和GSE39582数据集COAD样本的转录本和临床数据,以及Immport数据库和Innate DB数据库中的免疫相关基因
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1.结肠腺癌免疫相关基因预后模型的构建目的:结肠腺癌(COAD)作为结直肠癌的主要病理类型,发病率和死亡率高。在这里,我们构建了免疫相关基因预后指数(IRGPI)来预测COAD患者的预后,该指标可作为筛查接受免疫检查点抑制剂治疗的患者的标准。方法:结合癌症基因组图谱(TCGA)和GSE39582数据集COAD样本的转录本和临床数据,以及Immport数据库和Innate DB数据库中的免疫相关基因,首先通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)鉴定COAD患者差异表达的免疫相关中心基因。然后,我们应用cox回归分析来确定与总生存率相关的免疫基因,并在此基础上构建IRGPI。比较IRGPI亚组的免疫细胞浸润、癌症异质性和免疫检查点表达。最后,我们使用GSE78220(n=27)数据集评估了IRGPI亚组在抗PD-1/PD-L1治疗中的应用。结果:IRGPI模型将TCGA数据集和GSE39582数据集中的COAD患者分为高危组和低危组,低危组预后较好。单因素和多因素Cox回归分析证实了IRGPI模型的可靠性。我们还发现,IRGPI低危组的一些细胞代谢受到明显抑制,CD4+T细胞的浸润也更多,肿瘤均一性增加,并且对抗PD-1/PD-L1治疗的反应有所改善。结论:IRGPI模型可用于预测COAD患者的预后,可用于抗PD-1/PD-L1治疗前的患者筛查。2.促进肺鳞癌转移的研究目的:肺癌往往在转移后才被确诊,我们旨在研究细胞型朊蛋白(Cellular Prion Protein,PrP)在人肺鳞癌H520细胞系中如何影响其迁移和侵袭能力,试图提供一个肺鳞癌的治疗靶点以抑制肿瘤的转移。方法:1)构建敲除PRNP基因的H520细胞的稳定细胞系KO3并检测。2)检测敲除PRNP后细胞表型的改变。为了排除基因脱靶效应,在PRNP缺失细胞中使用phage-PRNP质粒转入细胞以过表达外源PrP,并检测细胞表型是否能够恢复。3)通过免疫荧光实验观察PRNP基因缺失后,细胞骨架蛋白(F-actin表达水平)变化。4)使用RNA测序检测H520和KO3细胞迁移相关差异基因,并用real-time PCR验证上述差异基因。随后用对应抑制剂处理检测对应基因对细胞迁移和侵袭的影响。5)使用免疫印记检测H520和KO3细胞激酶的表达,用抑制剂处理后检测细胞迁移能力是否改变。6)为了建立激酶与筛选的差异基因的联系,我们采用免疫印记,real-time PCR等实验方法。结果:1)肺鳞癌高表达PrP,且预示着预后不良。2)在H520细胞中,PrP以Pro-PrP的形式存在并促进细胞的迁移和侵袭。3)Pro-PrP上调MMP9的m RNA水平,并促进迁移。4)Pro-PrP上调磷酸化ERK并促进迁移。5)Pro-PrP不能通过上调磷酸化ERK来调节MMP9的蛋白水平,可能与MMP9的酶活性有关,需进一步验证。结论:在人肺鳞癌H520细胞系中,细胞型朊蛋白PrP以Pro-PrP的形式存在并可通过影响p-ERK和MMP9来促进H520细胞的迁移和侵袭。p-ERK是否调节MMP9的活性还有待进一步研究。
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