啮齿动物是地球上第一大类哺乳动物，占哺乳动物种群的40％以上。啮齿动物能够传播60多种人类感染性疾病，同时也是多种病毒的自然宿主，如汉坦病毒引起肾出血热和肺综合征、拉沙病毒引起脉络丛脑膜炎。因此研究啮齿动物携带的重要病毒对于预防和控制新发病毒病有重要意义。本论文开展了针对中国南方重要啮齿动物病毒的生态分布、遗传多样性和分子进化等方面的研究，主要结果如下:　　2012年云南省福贡县18种啮齿动物的187份肛拭子样品进行7种病毒检测，结果有18份为汉坦病毒阳性(9.6％)，其中16份来自克钦绒鼠，1份来自大耳姬鼠，1份来自黄鼬，系统进化分析表明它们和2006年在云南省西北部克钦绒鼠体内发现的汉坦病毒属于同一分支。　　2013-2014年来源于云南省多种啮齿动物的108份肝组织样品进行嗜肝病毒、丙型肝炎病毒和戊型肝炎病毒的检测，结果有4份为戊型肝炎病毒阳性(3.7％)，其中1份来自黑鼠，另外3份来自高山姬鼠。序列分析显示高山姬鼠感染的戊型肝炎病毒与已知戊型肝炎病毒核苷酸相似性低于76％，可能为新型啮齿动物戊型肝炎病毒。对8种啮齿动物的20份肠组织进行副粘病毒、汉坦病毒和冠状病毒检测，结果有1份黄胸鼠为副粘病毒阳性(5％)，系统进化分析表明它和其它啮齿动物来源的副粘病毒亲缘关系较近。　　2014年来源于广东省深圳市63份啮齿动物和3份臭鼩样品进行多种人类疾病密切相关病原体的检测，结果有6份肺组织样品为汉坦病毒阳性(9.1％)，其中5份褐家鼠感染Seoul型汉坦病毒，1份臭鼩感染Thottapalayam型汉坦病毒。3份褐家鼠肝组织样品为戊型肝炎病毒阳性(4.5％)，且存在遗传多样性。本研究还首次在臭鼩肝组织样品检测到1株丙型肝炎病毒，它与已知丙型肝炎病毒氨基酸相似性均低于54％，推测为一种新的丙型肝炎病毒。