农村集体经济组织法人治理机制的建构与完善关系到基层社会治理目标的实现和集体经济的持续发展。集体经济组织作为一个独立的市场主体,法律层面没有确定其治理模式,缺乏对组织、运营、职能等方面进行规范,至今成为一个模糊的所有权代理主体概念。我国大部分农村地区仍然维持了“政经合一”的体制,出现法人章程形式主义严重,少数人专权和法人专横等民主异化和监督失灵的现象,存在农村集体经济组织治理结构不健全,治理机制运行不畅等制度困境。本研究以中央确定农村集体经济组织立法为契机,综合运用了民法中的民事主体理论、民事法律关系理论、商法中的公司治理理论和整体主义的方法论深入探究农村集体经济组织治理机制构建的原理,试图以法人治理机制的一般性为基础,突出其特别性,提炼集体经济组织法人治理机制的制度框架和具体设计。在“农民集体——农村集体经济组织——集体成员”三元分析框架下能够确定集体经济组织的理论定位,三元分析框架中集体成员作为整个框架的中轴,关键在于通过法人治理机制的设计确保集体成员权的保障和实现。因此,在集体经济组织法人治理机制中必须坚持以成员权作为建构的基点,其法人治理机制建设应当包括四大原则:经济民主原则、分权制衡原则、自治原则、独立原则,从成员权的平等、内部治理机制中形成“权利制约权力”的局面、外部治理机制中尊重自治权利的空间保证以成员权作为法人治理机制构架的基点。综合考量产权制度的要求、治理目标的契合度和改革的趋势,股份合作制是其治理模式的不二之选,同时也可以允许合作社或股份制等其他例外选择。在具体路径设计上,农村集体经济组织法人治理机制发挥法人章程的指引示范作用,内部治理结构着眼于内部的制度设计,集中体现为成员大会、理事会和监事会等静态治理机构之间的权责利分配以及股权安排机制、民主决策机制、民主监督机制、利益分配机制等动态运行机制。外部治理机制则强调借助外部力量或外部环境在法人治理中发挥作用,主要体现为政府指导、监督农村集体经济组织发展以及集体经济组织处理与基层层党组织、村民委员会的关系形成的主体结构和运行机制。以系统论视角观之,有必要搭设集体经济组织内部和外部的协调联动治理机制,因此,应当通过明确权责建立主体协同机制,通过效力衔接建立集体行动机制,通过利益联结建立风险防范机制。