农村土地承包经营权流转事关各流转主体尤其是农户的切身利益,长期以来一直受到我国政府和社会各界的广泛关注。然而,近年来流转问题日益凸显,究其原因,就是当前乡镇政府的职能转变不到位已然成为制约我国农村土地承包经营权流转发展的瓶颈因素。乡镇政府作为我国行政体系的神经末梢,对于如何治理好土地承包经营权流转这一问题起着至关重要的作用。本文以农村土对承包经营权流转中的乡镇政府职能为研究对象,结合江苏省海门市乡镇政府的实证分析,首先阐述了农村土地承包经营流转与乡镇政府职能之间存在的关联性。其次,通过文本分析、访谈调查重点梳理了海门市农村土地承包经营权流转中乡镇政府职能的历史沿革。第三,从职能关系、职能内容、职能结构和职能方式四个方面分析了当前海门市乡镇政府职能在流转中的问题,这是本文的重中之重,并在此基础之上分析了四个方面的原因,即相关法律法规的不完善、“礼”对“法”的牵掣作用、乡镇政府在科层制结构下的碎片化运作和在绩效考核机制下的治理目标异化。最后,针对其中的问题和原因,从加强土地承包经营权流转的制度保障、优化土地承包经营权流转中乡镇政府的治理理念、深化基层行政管理体制改革和构建多元主体互动的治理体系四个反面提出优化乡镇政府职能的对策。