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为了探讨黄顶菊与根相关细菌的相互作用关系,并为黄顶菊微生态系统的进一步研究提供一定的数据基础,本文采用分离培养和高通量测序两种方法,对黄顶菊三个不同生长时期的根内、根面及根际细菌通过16S r RNA基因系统发育分析对群落结构多样性进行了研究,并结合两种方法结果全面深入的探讨了黄顶菊根相关细菌多样性及群落组成。分离培养得到黄顶菊生长初期的534株根相关细菌,其中根内生细菌80株,根面细菌217株,根际细菌237株。这些细菌归属于变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)及厚壁菌门(Firmicutes);其中根内生细菌、根面细菌及根际细菌分别归属于24个属,48个属及40个属。在门水平上放线菌门为生长初期黄顶菊可培养根相关细菌的最优势类群,所占比例大于49%。在属水平,根内生细菌的优势菌属为纤维菌属(Cellulosimicrobium)(16.25%),根面及根际的优势菌属均为微杆菌属(Microbacterium),其所占比例分别是25.81%,17.30%。根据测序菌株的16S r RNA基因序列比对结果,发现菌株rgn26与Geothermomicrobium terrae YIM 77562T(AB859256)序列同源性为93.80%,菌株rgb61与Ponticoccus gilvus MSW-19T(AM980985)序列同源性为96.10%,可能是潜在新属或新种,丰富了与植物相关的细菌资源。采用高通量测序技术分析了黄顶菊三个不同生长时期的根相关细菌,结果显示:黄顶菊样品的根相关细菌共归属于25个门、64个纲、102个目、194个科及394个属,且不能确定分类信息的类群在各分类单元均有出现。根内生细菌、根面细菌及根际细菌在门水平上共有的为变形菌门、放线菌门、绿弯菌门(Chloroexi)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)和酸杆菌门(Acidobacteria),其中变形菌门为优势菌门,其次为放线菌门。在属水平上,根内生、根面及根际存在很大差别,但是它们都含有高丰度的芽单胞菌属(Gemmatimonas)的细菌。高通量测序结果分析表明黄顶菊根相关细菌生长的微生境(根内、根面和根际)是造成细菌群落结构差异的主要原因。结合高通量测序技术和培养方法结果发现黄顶菊根相关细菌具有丰富的群落多样性,且黄顶菊根内、根面和根际的群落结构组成有明显差异。